有效地制止有害生物在博物館的環境經營上非常重要。以往常用化學燻蒸法來消滅有害生物，但化學藥品不僅危害人體健康，並可能損毀博物館物品。現今儘可能不用化學藥品的最佳有害生物防制辦法為有害生物的整體控制，此辦法的主要步驟為檢視有害生物的存在、使用非化學防制辦法，以避免有生物進入環境設施內，並消除建築物內部有害生物的食物來源、隱藏處所及孶生環境，之後評估其結果，僅在必需時方使用化學方法，最後再重新評估其結果，以及建立持續性的偵測系統。此辦法可得知博物館內的有害生物狀況、避免不需要的化學處理，而能有效地制止有害生物的為害。