「科學引用文獻索引」（SCI）是美國科學資訊研究所（ISI）所出版「引用文獻索引」（CI）幾個不同專業版本之一，ISI透過專家判斷、期刊標準及引用分析等準則來選錄世界各國所發行的重要科技期刊，先將合於條件者收錄於「最新期刊目次選輯」（CC）中，經過一段時間評估，其被引用頻率達到水準後，才會收錄於SCI中。期刊之影響指數（IF）是被引用篇次與論文發表數量之比，可以反應該期刊所刊載論文被引用的頻率，但其數值之高低並不是ISI評選之唯一因素。臺灣醫誌在改進內容及品質後，通過ISI之評選標準，於1996年（95卷）1月號開始列入SCI。在1996年的期刊引用報告（JCR），可看出臺灣醫誌的影響指數為0.186，在所歸屬的一般醫學類98種期刊中排第78名。醫學期刊若能進入SCI名單，不但可提高知名度，更可吸引讀者閱讀或投稿。但一期刊要進入SCI，並非易事，所花之代價甚大，而在進入SCI後，仍要維持其水準，以免遭到剔除。