在管制日本期間,盟軍總司令部為解決日本糧食危機,一再謀求放寬日船捕魚范圍。國民政府由于考慮不周,同意了盟總提出的費德勒計劃,由此埋下了日船越界侵漁的禍根。面對日益嚴重的形勢,國民政府采取一些措施試圖制止日船侵漁,先是通過外交途徑向盟總提出抗議,抗議無效乃轉而依靠自身解決,試圖制定本國法規管制越界日船,還專門動用武力抓捕了一批越界日船。這引起了盟總的強烈不滿,雙方由此糾紛不斷。在交涉過程中,國民政府一度表現出強硬姿態。同時,中國政府還試圖以戰勝國身份限制日本漁區,并在遠東委員會上多有努力,甚至與蘇聯等一道否決美國提案,否認盟總自由擴大日本漁區的權力。國民政府內部亦在對日和約談判問題上就限制日本漁區達成共識。但是,由于戰后國民政府采取依賴美國的外交政策,最終不得不對盟總(幕后則為美國)妥協,制止日船越界侵漁的努力未取得成效。