國家安全法第四條為國境安全檢查之法源，授權警察或海岸巡防機關於「必要時」，對入出境之人員、物品及運輸工具，得依其職權實施檢查。另一方面，依據海關緝私條例第一條規定：「私運貨物進出口之查緝，由海關依本條例之規定為之。」因此，國境安全檢查及走私漏稅檢查均屬於國境秩序行政之一環，為避免其對於國家安全及政府稅捐產生危害，而分別立法規範之。然而基於兩者之不同目的而對於同一檢查對象，如何規範與實施，乃有探討之必要。本文建議對於未來國境檢查任務之分配允宜依據檢查之特性重新定位與分配，例如對於出境之檢查之重點在於航空機或船舶安全之維護為主，故宜仍分由警察或海岸巡防機關負其安全檢查之責任；至於入境之人及物品之稅務檢查由海關檢查，對於危害治安之毒品或武器之安全檢查（或稱管制物品檢查）則宜以委託方式由海關負責之；或經過兩機關之協商決定分別之查驗範圍與比例，既可使檢查更綿密，亦可避免重複檢查。有關貨櫃檢查，仍可維持由財政部海關於貨櫃場站內進行以稅務或管制物品查驗，至於未檢查部份，則可由保安警察第三總隊進行落地追檢，主要係以危害治安之查禁物品為對象，若有因而查獲未稅走私貨品，則可主動移交海關辦理，以達到「行政之一體性」，雖設官分職，各有所司，然而亦有管轄恆定原則之例外，必須「委託」或「職務協助」之方式互補之，以達成國家任務。委託在行政實務上有其必要，亦可適度解決多頭馬車相互卸責之弊。