止痛是針刺的主要作用之一，主要機轉是透過身體特殊部位（穴道）的刺激，使得活化脊髓、中腦、下視丘和腦下垂體等神經內分泌系統，進而分泌止痛介質，如β內嗎啡、單胺基酸類（monoamine）和強嗎啡等。而產生止痛效果。針刺止痛在臨床的應用，從實證醫學（evidence-based medicine）的報告中，對於癌症病人的疼痛輔助治療、手術後或手術過程的疼痛、肌肉關節系統的疼痛、偏頭和張力性頭痛、牙痛和肌纖維痛症（fibromyalgia）有一定的療效。