治療慢性C型肝炎的終極目的是要終止感染、減輕疲憊、避免或延後肝臟纖維化的進展、以及防止或緩解肝礎化相關的併發症和肝癌的發生。最近十年以來以干擾素為主前且合併抗毒藥物雷巴威林（ribavirin）的治療方式有非常快速的進展，而自從一週施訂一次的長效干擾素(pegylated interferon)問世以來，平均治療成功率（sustained virologic response, SVR）可較傳統短效干擾素提昇約10-15%左右尤以感染基因型第一型病毒者最為顯著，但仍有將近三至四成的病患對現行的治療反應不佳。對干擾素療法失敗的原因可歸因於病毒、宿主、治療方式以及個人特性等四大因素。為了提升目前治療的效果，創新的發展就是利用peginterferon及ribavirin的標準治療計劃所修正、改進而演生出的改良式治療計劃，利用早期病患反應的訊息，或縮短或延長來剪裁出最合適的個人化治療方案（individualized therapy）。對某些特定的病患，延長治療療程或/且對某些特殊病況的病患（例如是肝硬化者），增加interferon的劑量（或某些情形增加ribavirin的劑量），這對目前已算成功的治療方式又能增加些許的進步。病患醫囑遵從是導致治療成功最重要的元素，因此在治療開始前臨床醫師應先評法、復發而非不反應者、年齡小於60歲、感染基因型第二或三型病毒、起始血清病毒量(HCV RNA)小於150萬copies/ml、以及無肝硬化者使用長效干擾素合併ribavirin再治療的成功率較高。長期干擾素維持治療提供一個對不反應者的可能解決方案。但在考量費用及副作用下，是否值得採用，仍需要觀察。口服之抗病毒藥物如蛋白?抑制劑（protease inhibitor）聚合?抑制劑（polymerase inhibitor）目前被視為peginterferon／ribavirin治療的輔助劑，但能否使用這些藥物作為新病患或以往治療失敗者的單一療法以及病毒可能產生的突變種問題仍有待更進一步的研究。