目前兒童B 型肝炎治療的大型研究不足，因此並無公定的標準治療，且治療反應主要還是依據實驗數據，如病毒量、生化學以及組織學來做中長期預後的推測。現今並無特定一種B 肝藥物是最有效的，故藥物的選擇最主要還是取決於兒童的年齡、對藥物的反應、對副作用的耐受性、兒童及家屬就醫的方便性，以及經濟上的考量。此外，B 型肝炎開始治療的時間點也與藥物療效以及抗藥性的產生有很大的相關性，故審慎選擇給予藥物的時間點也是B 肝治療的重點。