建立軍事安全機制是冷戰結束以來，各國之間化解衝突所追求的目標之一，而兩岸之間雖然仍存在著很深的政治岐見，但在過去五十年之間卻能夠維持著對峙而不衝突的軍事關係，這種穩定的軍事關係基本上是有賴於雙方過去建立起的一些互信默契。現在，兩岸關係又因經濟發展需要穩定的和平環境，以及臺海安全被國際化之雙重制約，使得雙方不得不從現實主義及新的安全觀來看待軍事衝突問題。而在這兩股思潮的推波之下，也就不能排除建立軍事安全機制的可能性。以兩岸目前的政治關係而言，這套機制應可先在穩定兩岸軍事關係基礎下繼續推動。兩岸目前可以先考慮設置間接性的軍事熱線、建立非敵意性的越界辨識系統、海上意外通報管道之建立、軍事人員交流、軍事演習的透明化、公布國防白皮書、遵守海峽中線、宣示互不使用核武威嚇等措施先建立良性穩定的軍事關係，繼而再建立以和平解決爭端並簽署互不侵犯協議，透明化軍事演習措施，建立溝通性軍事交流機制，採取限制性之軍事威懾措施以及互動準則，並進行其他低強度衝突的合作安全措施。這套軍事安全機制從現實主義出發，事實上應該是超越政治岐見的。此外，從兩岸都堅持要在和平穩定的環境下追求繁榮目標來看，它更是必須存在的。