清官修《明史》歷經90余年,萬斯同《明史稿》、王鴻緒《明史稿》及張廷玉主持修纂的殿本《明史》,是不同撰修階段最為重要的明史書。對于萬歷朝鮮之役人物傳記的歷史書寫,萬斯同頗為重視,王鴻緒不夠重視,張廷玉則加以否定和抹殺。在張廷玉的《明史》中,《神宗本紀》奠定否定朝鮮之役的基調;東征朝鮮明將領的入傳,或因家族,或因播州之役,或因遼東事變,幾乎無人是因朝鮮之役入傳的;《朝鮮傳》對于相關人物與戰役,采取否定、貶低的負面評價。其原因一方面是由于史源影響,《明神宗實錄》的編者因為楊鎬要為薩爾滸之敗負責,實錄中也就依從丁應泰的說法,否定楊鎬及明軍在朝鮮的戰績;另一方面是出于現實政治的需要,因為東征朝鮮的將士后來在遼東成為后金的對手,為了塑造清朝的正統性,必須對他們采取否定態度。這是決定清官修《明史》對萬歷朝鮮之役歷史書寫的兩個主要原困。