1950年代印尼正式建國，1960年代後期開始出現零星公開的亞齊獨立運動，亞齊尋求脫離印尼的二次獨立。這次獨立的性質是印尼統一共和國中的分離主義而非反西方帝國之殖民地獨立。1960年代以後，伊斯蘭文化的宗教理由與印尼石油產業在亞齊分離主義運動產生不小作用。亞齊的分離主義是一種民族主義運動，這個民族主義運動與日本在第二次世界大戰時期的南方軍政關係匪淺，而且臺灣殖民地經驗影響了印尼民族主義的形成過程。促使亞齊與爪哇成為不同民族單元的制度基礎。 本文嘗試說明亞齊民族主義與印尼民族主義運動之差異。一般認為亞齊分離主義出現的兩個主要理由是：歷史上亞齊原本就是獨立的國家，印尼政府對於亞齊的經濟壓榨。筆者認為尚有以下理由：要傳承抗荷光榮歷史；日本軍政時期，當爪哇進行有利印尼民族形成的溝通活動時--如爪哇的奉公會與防衛義勇軍--亞齊並沒有加入此一過程：戰後對於伊斯蘭問題與爪哇不合；經濟資源被爪哇控制；而長期的血腥鎮壓，更強化了反印尼與反爪哇中心的民族意識。亞齊問題在國際上開始出現時，常被簡化為人權問題與宗教衝突或經濟不滿造成的地方分離主義，而非民族主義。筆者認為印尼的亞齊問題乃是一種民族主義衝突。