2006年的兩岸關係，依舊是執政黨「臺獨意識型態」操作下，在政治面呈現緊張關係，只要政府公權力管得到的事物，如大陸人員及資金來臺、兩岸直航、開放大陸觀光客來臺等，全部加以管制，採取「鎖國政策」，使兩岸經貿關係亦受到政治力的嚴重影響。 另一方面，在各在野黨的努力下，兩岸間展開各項溝通與交流活動，如2006年4月及10月舉辦的兩岸經貿及農業論壇，不但在觀念上拉近了彼此距離，在實質往來方面也做出了正面貢獻，對兩岸關係進展有極大助益。在民間往來方面，兩岸人員、貿易、投資、通訊等各方面的往來一年比一年熱絡，並沒有因為政府的管制而受到影響。 展望2007年的兩岸關係，「臺獨意識型態」及「鎖國政策」，依舊影響兩岸關係的正常發展，所以，兩岸關係仍是「執政黨操弄限制，呈現緊張」、「在野黨努力打開機會之窗」及「官方限制、民間熱絡」的局面。