我國於 2007年增訂智慧財產案件審理法第 16條第 1項規定，容許民事法院自為判斷專利有效性爭點，確立「行政舉發撤銷」與「民事無效抗辯」雙軌挑戰專利有效性的途徑。但如民事侵權判決先行確定，嗣後始發生專利舉發撤銷成立的情事，此際，因專利權之效力視為自始不存在，則該侵權成立之確定判決即欠缺判決基礎，將衍生得否據以提起再審之訴的問題。雙軌制的設計，係公私法二元體制下的產物，為釐清上述爭議，本文從紛爭的源頭開展，以權力分立的視角剖析，行政機關准予專利的「行政處分」與專利權此「私權」二者的法律性質；其次，討論司法權審查的定位及其介入審查行政權的界限；再者，結合民事訴訟相關理論、重要判例、判決，闡述現行雙軌制下提起再審之訴的爭議；最後，參酌日本制度以為我國現制之借鏡。