李總統宣示兩岸關係為「特殊的國與國關係」後引起的各方反應，凸顯出兩岸之間長久存在的一些問題。如果雙方不以新的思維來處理這些問題，兩岸關係很難出現良性的發展。 第一，雙方都必須承認，影響兩岸關係發展的因素，並非單方面的主觀願望所能決定的，必須考慮兩岸個別內部形勢的變化，以及整個國際環境的變動。 第二，兩岸關係定位的模糊不清，使雙方的交流過程產生了許多難以解決的問題。解決定位問題應考慮兩岸「分治」和「並存」的現實，經由談判來尋找雙方都能接受的方案。 第三，兩岸都面對後冷戰時代國際環境變化帶來的衝擊，應思考如何處理雙方在國際社會中的互動關係問題，建立新的遊戲規則。 第四，在兩岸形成「互信」之前，雙方軍事對峙勢將持續，故應致力於避免衝突，增進合作。 最後，在建構跨世紀的兩岸關係時，雙方應從「雙贏」的概念擴大到「三贏」的概念。即促使兩岸共同奮鬥的目標，能與世界潮流相互呼應。