江戶時代(1602∼1867)儒教信徒伊藤仁齋算得上是日本思想史上少數最被推崇、最被研究的儒學者之一。百年來有關伊藤仁齋的研究，可以從最大取樣範圍的「主體性強調」與「脈絡性強調」兩項來分類。前者以1902年發表的井上哲次郎氏的研究為代表；後者以1948年起持續十餘年石田一良氏一系列研究為代表。而從思惟活動主體的「心」，兼具「主動性」與「被動性」的二元性質來看，以井上與石田為代表的兩個群組的研究，固然都有相當可觀的成果，但也難免失之一偏的缺憾，以致於兩派研究之間，多有互相齟齬矛盾之處。1987年三宅正彥氏集結了他持續二十年的研究成果為《京都町眾伊藤仁齋の思想形成》一書，相當程度地整合了兩個方向的研究業績與自己諸多可觀的創見，給學界提供了迄今為止仁齋其人其學最全面的生動圖像。但因為三宅氏對仁齋思想轉折關鍵點的三十七、八歲間，伊藤仁齋與朱舜水氏在思想學術上的深刻關係（石田氏最早指出)，一開始即持懷疑的態度，以致於在仁齋思想中具有關鍵性質的「實理實學」概念，幾乎未加著墨，使得仁齋的整體相，仍有若干陰翳不明的點面。
　
　　伊藤仁齋是日本思想史上，一位最具有辨證性思想成長經歷的人物之一。他的思想一方面起於對以程朱為代表的外來宋代「理學」的上意識地高度崇拜，一方面下意識裡個人特殊性格、日本民族傳統的思惟性格底流，左右著他對程朱學的理解，表現在他三十歲前後自己頗為自得的〈太極論〉等三論作品上。
　
　　隨著自己生命的成長、家庭關係的變化，意識深處的性格底流逐漸激揚澎湃起來，使他對程朱宋學漸感不慊於心，注意力開始逐次轉向佛教禪宗的白骨觀法、明代陽明近溪之學去尋求安身立命之道。在經過近十年摸索挫折的過程中，在以東亞為視野脈絡的一波政治劇變、文化交流的因緣際會下，呵朱罵王、主張「孔子之道宜可萬世無敝」的明遺臣朱舜水「破格」「異數」地得以長「鎖國」之下的日本，甚至成為全日本最重要的藩國之一－－水戶藩的賓師。朱舜水所倡導的，以「人倫日用」「孝悌忠信」「實踐力行」為思想重心的一套「實理實學」，激起仁齋思惟深處的共鳴，使得仁齋在學術思想的認同上，澈底揚棄以偏重於個人身心修養及探究事事物物之理的所謂「居敬窮理」的程朱之學。連帶地，在學術思想所依據的基本經典文獻的選擇上，一反程朱新儒學的「四書」中心主義，重新投入先秦原始儒教的《論語》的世界裡，優游涵泳，凝煉出視《論語》為「最上、至極、宇宙第一書」的信念。被程朱首先賦與經典地位的《大學》一書，則在仁齋自己依「人倫日用，孝悌忠信」原則所立下的「意味血脈」方法論，判定為「大學非孔氏之遺書」。而對《中庸》一書，儘管是以「誠」的哲學為其特色，表面上看起來與「實」「忠」「信」等漢字德目有日本語語義上的相通點，但仁齋貶抑誠明章說「此章以性教並論，而性之功重，是與論孟之旨為少異，豈後來之學，由是而漸歟」。也是在同樣的「意味血脈」方法論下，並參考宋代學者陳善與王柏的的疑經改經的見解，將之貶為「漢儒雜記」纂入，「漢儒所誤者亦居多」的雜書，而用《中庸發揮》的名目加以重新註解刊行。
　
　　從四十歲左右起，仁齋開始一面註經立說，彰顯他所自認為的儒家聖書的原始古義，一面緊扣《論語》《孟子》文本的「章、節、字、句」作為權威判準，展開了一生等同於「清剿異教徒」的朱子學批判事業。同時在對朱子學解構的過程中，建構起自己一套以仁齋式的「實」概念為基底的「古學」思想。這一套古學思想的主要內容是１、限制在「人倫日用」範圍之內的「孝悌忠信」、「實踐力行」的伊藤仁人道中心主義。２、有實證可見之跡才能稱善的伊藤仁齋人性論。３、唯有以人的「實感」所能感知的事物，才是真實存在的伊藤仁齋「唯氣論」。４、完全以「實際事功．功利主義」的標準來論斷歷代政治的得失、斟酌歷史人物的輕重因此，對管仲的評價，就有了與孟子截然不同的結果；推崇漢文帝、武帝，乃至把唐太宗、魏徵君臣抬舉到能夠體現孟子「王道」理想的聖君賢相，更是與朱子「誅心之論」「春秋責備賢者」的史觀，形成水火冰炭的對立。更重要的是，突顯了《論語》與《孟子》兩本經典之間的裂痕、以及仁齋自己思想體系內部的矛盾。５、同時仁齋一生的出處行誼，是以「實利」的考量為準據，如同他自己以論語中孔子所表現的明哲保身為範例所說的：「有損於己而無益於天下，智者不強為，而有德者自不為」。
　
　　在稱揚「宜可萬世無敝」的孔子之道的同時，「神皇正統億萬歲」「願教文教勝虞唐」的民族情懷也不時在其意識裡暗躍著。在外來「儒教」與民族「皇統」兩股思想意識的「正」「反」勢力，不斷激盪辨證而尚未成「合」的發展途中，伊藤仁齋結束了七十八歲曲折數變的儒學生涯，留給堀川河畔子孫一套繼續辨證不已的「古義堂學」遺產。也留給後世學術界諸多有待研究開發的空間。從這個角度來看，伊藤仁齋其人其學也在相當程度上，體現了舉世無匹的「日本稻農共同體」特有的「螺旋體辨證」文化思想發展模式。