方以智(1611~1671)，字密之，號曼公，安徽安慶府桐城縣人，是明代著名哲學家、科學家，其學術特色為博採眾長，主張中西合璧，儒、釋、道三教歸一。而其一生著述多達400餘萬字，存世作品數十種，內容廣博，無所不包。方以智作為一位逃禪避禍的知識份子面對社會與文化的劇變，如何以一種新思維模式來為當時的學術界乃至於一般的社會大眾，提供一條既可整合學術界又可安身立命的光明大道，這是方以智自許的心志與弘願，而本論文將聚焦處理方以智「儒釋會通」思想的相關議題。
第一章 緒論：
本章首先提出本論文的研究背景與動機，接著，闡述本論文的問題意識和研究方法，以及預定進行的研究步驟，再者，回顧近年來學界對於方以智「儒釋會通」思想的相關研究成果，汲取諸家之相關特點，去蕪存菁，冀望能呈現方以智「儒佛會通」思想的深層結構與底蘊義涵，期盼能開展出方以智「儒釋會通」思想的完整體系。
第二章：晚明儒釋思想之交涉
本章則從明末清初的時代潮流與佛教思想發展之中，進一步探究方以智「儒釋會通」思想形成的時代條件。檢視明末之時代思潮，發現晚明佛教的「經世轉向」、明末「居士佛教」的崛起、陽明後學的「狂禪之風」，以及「世間佛教」的社會效應等等四大要素，使晚明社會思潮中呈現出「儒佛交融」的思想格局，同時也間接構成明末時期多元豐富的思想取向，進而，掌握方以智所面臨的時代議題。
第三章：方以智「儒釋會通」思想形成之外緣因素
本章將整理方以智的家學淵源，歷經時代巨變而逃禪遁世，進而掌握影響其「儒佛會通」思想形成的外緣因素。概分為：一、「儒者家風之傳承」與「時代巨變的衝擊」；二、吳應賓的「圓三宗一」與「桐城方氏易學思想之延續」及三、逃禪遺民的選擇、青原「荊杏交參」之宗風與覺浪道盛的「托孤說」等三點，逐一論述。
第四章：方以智的本體論─「三極說」
本章欲先突出方以智的本體論(至高之道)的立場，作為「儒釋會通」中「概念分析」的理論依據。透過追溯方以智「三極」思想的由來，瞭解方以智的「三極」思想在桐城方氏易學傳承中的源起，接著探討「三極」思想的內含，由方以智對「太極」的釋義開始，進而考察「有極」與「無極」兩者的「對待」，以及討論「三極」彼此之間的互動模式：「一而二」、「二而一」與「三即一」，亦即「太極」展開與回歸自身的活動模式；最後再聚焦於「三極」思想與天地萬物的確切關係。最後，確立「一二(多)辯證關係」是其「三極說」的核心思想論證，亦是「儒釋會通」的參考依據。
第五章：方以智「會通儒家」之參究依據
方以智試圖證明，儒家的義理符合他所揭示的「至上之道」，而為了達成這個目的，他針對儒家思想的經典文本－《論語》與《中庸》裡的一些核心概念，進行了理解分析，並加以重新詮釋闡發。對於《論語》，他參考了「一以貫之」、「言與無言」與「舉一明三」等概念；而針對《中庸》則參究了「中」說、「代錯」說等觀點。檢視方以智對於上述儒家核心概念的詮解新意，他認為孔子的「一以貫之」，是對「一多相即」之表述；「予欲無言」則展示了「言」與「無言」貫通無二，「舉一隅不以三隅反，則不復也」更是「三分思維」的呈顯；《中庸》之「中」是對「過」與「不及」兩邊的貫通與超越；「代明錯行」的詮解則為「相反相因」的辯證內涵，以上觀點不但充斥方以智個人學說特色的詮解，分析其義理架構更是「一二(多)辯證關係」主張的具體表達。
第六章：方以智佛教思想體系中的禪法特色
方以智的思想深受覺浪道盛之影響，而覺浪道盛認為莊子是「儒宗別傳」，主張莊子在儒家中所處的地位，就如同「禪宗」在佛教中所處的位置，由此可見，方以智對於「禪宗」思想的重視，相當值得我們深入探討，因此，另立專章討論方以智佛教思想體系中的禪法特色。
方以智認為「禪學」僅可作為佛學的一部份，只能視為佛學的支流，無法代表整體的佛教。方以智常將「理學」與「禪宗」並舉而觀之，因為他認為「理學」與「禪宗」兩者各執一方，皆以偏頗的錯誤認知，阻礙了後學者探究真理之路，若要掌握學問全體，勢必得詳加分析各自的偏見後，逐一排除。若從方以智「集大成」的思想來說，他並不拒斥任何學術體系，不論是「禪學」或是「理學」，皆在藥地的網羅之列，但他格外反對的是那種拘執不化、墨守陳規，卻又一意孤行、剛愎自用的為學態度。
方以智採用「不答答之」、「自相矛盾」、「答非所問」的話頭機鋒，棒喝交馳的體驗開示，與饒富趣味、別開生面的禪語詮解等三種「觀機逗教」的手法，構築了方以智獨具特色的說禪方式。方以智運用深厚的家學淵源與自身的文化素養為根基，以儒解禪，以道解禪，並以《周易》之中的「五行」與「八卦」等概念解禪，匯整為統攝三教義理、兼融多元視角，而又獨具特色的禪學觀。方以智教內的禪風特色，大致集中為「禪淨歸一」、「五宗融通」與「匯聚青原」等三個主要方向
關於明末「狂禪」或「偽禪」者的弊病，方以智也針對這些顯著的流弊，提出兩項改善的見解：(一) 「真參實證而不自欺」－方以智認為缺乏「真參實證」的體驗，刻意耍弄機鋒和禪語，藉以標新立異，不過只是炫人耳目、譁眾取寵的伎倆而已，參禪者應追求「禪宗」－劈斬陳規、回返本心的核心精神；(二) 「讀書好學以求解脫」－對方以智而言，「學」是參貫死生之機的重要工夫。「擴充學問」不僅在於知識的積聚，而是透過學問知識的探詢，重新定位個人與真理之間的關係，再次認識自己與把握真理，也就是說研習經典與擴充知識對於「體契真理」、「開悟解脫」來說，實乃不可或缺的工夫。
第七章：方以智「會通佛家」之引證要點
方以智會通佛家思想的參究要點，主要分為「禪宗」與「華嚴」兩大方面。會通「禪宗」的核心概念有「不落有無」與「不立文字」；會通「華嚴」思想的核心概念則有「法界緣起」與「華嚴表法」。他利用禪宗公案的矛盾表達，以及「絕百非」、「離四句」的命題，論證了它們的本質在於「不落有無」的本體論內容。同時說明，禪宗所倡導的「不立文字」的本質在於破除人們執於 「多」而不知「多即一」。並進一步指出，「不立文字」與「肯定文字」的統一才是真正的「不立文字」，而這種「不立文字」恰恰與本體論思想符合。方以智也透過《易》與華嚴宗的「法界緣起」等概念相互溝通，更藉由李通玄以「易」釋「華嚴」的思路，將「表法」與萬物之內容，提升為「本體」與「現象」的關係，此一獨創的詮解，更促成了方以智以「易學」對「華嚴」思想的會通。
第八章：方以智「儒釋會通」之反思
本論文的探討進路，其分析的重點是縱向展開的，也就是說，主要關注儒釋兩者共同的根本之道，對其核心概念、重要命題之融攝。方以智「會通儒釋」不等於「混合儒釋」，或是主張儒、釋二者之間具有「本末、內外、主伴」之關係，而是另有一種更高的「理」或「道」對兩者思想進行統攝的工作。方以智提出「一切不相壞而大成集之」的思想，其構建「會通學術」的「集大成」之體系，是以批判式的融通為特質，即以最高的「道」之角度來判別各家。這是一種超越儒、釋界限的會通觀。而此一會通形式說明了儒釋之間，具有一致的本質既是共同的，又具體呈現在兩家的個別思想中。同時，共同之本質與各家獨具之本質又是一致的，這類似於「理一分殊」之概念。在此種預設前提下，只要我們揭示了這個共同本質，又能夠說明說明儒、釋兩家的核心概念、基本命題都是此一本體觀的展開。
第九章：結論
方以智在儒釋之間並無固定的價值預設，而是以超越無上的「道」，對它們進行會通。方以智「儒釋會通」思想的理論架構及其運作模式，他採用其「至上之道」的形上學高度來統合兩者，以其「三極說」為視角，試圖構築出一個本體論體系，而此架構之核心命題為「有無貫通」，而對於其體系的展開，則採用「一」(太極)與「二」(有極、無極)(多)的辯證關係來說明，而主要表現在「一在二中」與「合二為一」兩方面。不論是對於「儒家」經典文本《論語》中的「一以貫之」、「言與無言」和「舉一明三」等概念，或是《中庸》的「中」說與「代錯」說等觀點，以及「佛家」─禪宗的「不落有無」和「不立文字」，或是以「大易」與華嚴宗的「法界觀」互通，方以智也不斷以其「一」與「多」的辯證關係詮釋理解，並認為會通的根據在於它們都是「一多辯證」關係的開展。