有鑑於兩岸交流日漸頻繁，兩岸跨區犯罪層出不窮，且有複雜化之趨勢，故而兩岸治安機關合作共同打擊犯罪已是刻不容緩之事，然而兩岸當局均有其政治上之堅持主張，連帶阻礙了雙方制度化協商之契機，因此，目前兩岸共同打擊犯罪僅限於個案的司法合作，缺乏通案式的處理步驟。 本文首先探討兩岸合作打擊犯罪之現行機制，主要以金門協議、國際刑警組織及海基與海協兩會等方面切入；另外，並就現行機制提出檢討，歸納出：金門協議內容不夠明確且規範面不足、大陸方面對於金門協議刻意執行不力、大陸方面缺代制度化商之誠意算現行缺失；最後，提出兩岸應設立專責機構以共同打擊犯罪之步驟，計有：採納港澳與大陸司法合作模式作為例鏡、由個案司法合作走向通案司法協助、由局部地區試辦走向全面司法協助等建議；並以兩岸應設立專責治安機構作為雙方查緝犯罪之單一聯繫窗口以代結論。