陳確因為家中六代都是明朝的庠生，對明朝有深厚感情，又因滿清以外族入主，被視為仇敵和「異類」，加以明室的復興尚存希望，所以在明亡以後，迅速作出退隱的決定，而且終身守之渝。然而，確對時人的出處，卻先後有不同意見。起初，確祇從出處著眼，凡是處者都引為同調，凡是出者都加以荷責。漸漸感到，不少處者懷有世俗之心，與出身無異，因而在議出者的同時，主張處者必須閉戶讀書、講德修行、教誨子弟，並須以治生為重，以免因家貧而被迫出試。 最後，確對出試的風氣感到無奈，所以雖仍不主張出試，但不再口誅筆伐出試者，轉而勉勵他們日後出任，須以經世濟民為目標，於是提出「出處同道」、「出處一理」的說法。 可是，確始終反對殉國者和遺民的子弟出試。前者屬孝道的問題，而後者則是遺民志願的伸延，確盼望他們的子弟能以清白之身，等待新漢族政權的建立。