本文旨在分析增進學術自由的本質意義，以建構理想的學術組織經營型態，並且探索它的實踐策略。一般而言學術自由是高等教育的重要價值，原因在於它既它可以促進大學學術真理的追求，也可以確保大學的社會責任。然而弔詭的是，學術自由除對大學具有積極功能之外，在自由的前提下也有疏於真理探究的問題，進而產生學術組織成員專業夥伴關係的解構、學術社群的泛政治化、大學的無政府狀態以及學術人員與行政人員間的緊張關係，這些已經嚴重造成學術組織無法達成追求學術真理的目的。由於自我組織經營型態可以增進問題的探究，將有利於學術真理的追求，因此它可以避免學術自由執行所帶來的問題，進而落實學術自由的理想。本論文更粗探臺灣大學的現況，來分析學術自由對學術組織經營的影響及因應之道。