民國基督教會史的第二階段，是民國六年到民國十一年（1917~1922）之間，可稱為「討論宗教時期」。從民國基督教會史的發展上看，第一階段「教勢發展時期」（1912~1917），到第三階段「非基運動與本色化運動時期」（1922~1927）時，基督教在中國的發展，係處於一個逆轉與受挫的情況。本期內，國內的思想界、文化界，乃至於宗教界有所謂的「討論宗教時期」的辯論發生，雖然最初的討論範圍，並非針對著基督教問題，但基督教乃是宗教的一部份，因此逐漸受到波及，而有全面討論基督教問題的發生，基督教會受此次討論的影響，因而埋下後一階段時期中，國內以行動來挑戰基督教會的「非基運動」的產生，所以「討論宗教問題」是本階段教會歷史的重心所在，也是特色所在。本階段時，由於有新文化運動的興起，科學主義的思潮瀰漫於知識界，再加上西方強權國家對中國的欺凌，民族主義思潮抬頭，引發出了對宗教問題的討論。當民族主義思潮在中國更加高漲時，馬克斯的共產主義思想也在中國傳播時，基督教會所面對的未來前途，就益加艱難。本階段是教會面臨大風暴與挫折前的前奏階段，來自外界的挑戰，也促成教會內部空前未有的團結，也憑著團結的力量才渡過危機。