民國基督教會史的第三階段，是民國十一年到民國十六年（1922~1927）之間，可稱為「非基運動與本色化運動時期」。第三階段，基督教會開始面臨了更大的挑戰與衝擊。到了一九二七年，教會受到的衝擊已緩和了下來，有如雷雨停歇，雨過天晴。第三階段教會正遭受來自外界以「非基運動」方式的挑戰，而基督教會面對非基運動的挑戰下，教會以「本色化運動」的方式來回應。本階段前後六年的基督教會歷史之發展，都是環繞在這兩個大規模運動的互動之上。本文的目的是想把這一階段的民國教會歷史，作出較詳細的描述，先探討這個時期的時代背景，以及對基督教會的影響，再從「挑戰」與「回應」兩方面的互動上，分別探討各面相。本文透過對「非基運動」一詞的正名談起，說明「非基運動」一詞與「反基運動」一詞之間，實有所不同。非基督教運動自民國十一年（1922）四月展開之後，到民國十六年（1927）四月之後才逐漸沉寂下來，時間長達六年。在六年期間內，非基運動是呈現三個長短時期不一的階段發展。各階段都各自有其發生非基運動的導火線，或是世界基督教學生同盟會議的召開，或是反帝國主義思潮的影響，或是五卅慘案的回應，或是國家主義思潮的鼓吹，錯綜複雜，不易釐清。參與本時期非基運動的團體與個人，亦十分複雜，有信奉馬列的共產黨，有信奉三民主義的國民黨，也有信奉國家主義的青年黨及其前身組織。經過清黨、清共後，素來操縱非基運動的方向的中共遭受打擊，投往農村活動。執政的國民黨政府，重新調整與教會的關係，重建彼此尊重。中國的基督教會總算是渡過了這段暴風狂雨的日子，並且邁入了新的一階段，從此基督教會於中國展現出了新面貌。