德國、中國大陸透過稅捐通則與新企業所得稅法的明文規定，作為課予納稅義務人提示受控交易協力義務的法律基礎，一方面符合稅捐法律主義的法源要求，同時也區隔納稅義務人一般文據協力與受控交易文據協力，各自有不同的角色定位與法律效果。然我國移轉訂價查準卻是以所得稅法第80條的概括授權，創設所得稅法所沒有規定的依常規申報所得額、提供主觀評價性質的受控交易文據，甚至容許稽徵機關比照同業利潤標準與短漏報所得額，來進行補稅或裁罰。移轉訂價查準衍生諸多合法性疑義，如怠於妥善予以釐清，終究會使得稽徵機關執行移轉訂價查核權力大打折扣，亦影響營利事業的稅捐服從意願，亦不排除未來遭司法院宣告違法不予適用的可能性，值得注意之。