國家賠償事件究為公法性質抑或私法性質，文獻上有不同意見。由於國家賠償法原則上係採行政主體代位賠償制度，在行政機關賠償受害人之後，於法定要件下，得對於應負責之人（公務員）行使求償權，請求償還已付之賠償，而公務員原始應負之賠償義務係規定於民法第一八六條，此外，學者並認為，公有公共設施之國家賠償類似於民法工作物所有人之賠償義務，再者，若由國家賠償法第五條、第十一條以及第十二條之規定觀察，立法者似乎將國家賠償事件定位為民事事件，被害人請求國家賠償時，應由民事法院審判。然而通說認為國家賠償涉及公權力之行使，應屬於公法性質，理論上應由行政法院審判較為恰當。 國家賠償法第十一條第一項但書規定（依行政訴訟法規定，附帶請求損害賠償）和本文（損害賠償之訴）對照，可知條文本文之損害賠償訴訟應向普通法院提起，但行政法院亦可受理。職是之故，我國實務、通說皆認為，國家賠償案件係採雙軌制，原則上雖應由普通法院審判，但行政法院亦有審判權。此種設計是否適當有待探討。