清代臺灣案件的司法審判程序可分為： （一）一般案件的司法審判程序： 1.依案件罪名輕重，由（一）臺灣各廳縣，（二）臺灣各府，（三）臺灣道，（四）福建按察司，（五）閩浙總督、福建巡撫（或臺灣巡撫）逐級審判。 2.死罪案件，督撫專本具題，由三法司及內閣處理後，俟皇帝裁決。 （二）特別案件的司法審判程序： 1.依特別案件情節，由欽差大臣、閩浙總督、福建巡撫（或臺灣巡撫）福建水師提督、福建陸路提督、臺灣鎮、臺灣道等官員單獨或會同審判。 2.少數情節重大特別案件，主審官員得於審判完結後將人犯「先行正法」或「就地正法」，處決後再奏聞皇帝。多案件係先專摺具奏，奏聞皇帝，由刑部（或三法司）處理後，俟皇帝裁決，再加以執行。