智慧財產法院之設立,使我國在智慧財產權之保護上,往前又邁進一步。將相牽連之民事、行政、刑事訴訟統合處理之理念,值得贊同。但智慧財產案件之終審法院仍分別為最高法院及最高行政法院,在二元分立制度下,仍殘存有裁判歧異之可能。為解決此問題,民事法院在審理有效性爭點時,應通知專責行政機關為參加,使其有提出攻擊防禦之機會,並就該爭點兼採行政爭訟程序之審理原則,經踐行此等程序後,在民事確定判決中就智慧財產權有效性爭點之判斷,基於已受之程序保障,應對行政機關發生拘束力。