參考書目
一、古籍文獻（含點校本。先依時代，次依姓氏筆畫排序）
1.世親造，唐・玄奘譯：《阿毘達摩俱舍論》，《大藏經》第29冊，影印新修大正藏經委員會出版；白馬精舍印經會經銷，1988年。
2.漢・揚雄著，汪榮寶、陳仲夫點校：《法言義疏》，北京：中華書局，1987年。
3.漢・鄭玄注，唐・孔穎達疏：《禮記注疏》，臺北：藝文印書館，1989，影印《十三經注疏附挍勘記》本。
4.漢・劉歆等撰，呂壯譯注：《西京雜記譯注》，上海：上海三聯書店，2013年。
5.魏・王弼、韓康伯注，孔穎達疏：《周易正義》，李學勤主編：《十三經注疏》，北京：北京大學出版社，1999年。
6.魏・何晏集解，梁・皇侃疏：《論語集解義疏》，臺北：廣文書局，1977 年，影印《知不足齋叢書》本。
7.北涼・天竺三藏曇無讖譯：《大般涅槃經》，《大正藏》第12冊，東京：大藏出版株式會社，1988年。
8.晉・郭象注，唐・成玄英疏：《南華真經注疏》，北京：中華書局，1998年。
9.劉宋・求那跋陀羅譯：《雜阿含經》，《大正藏》第2冊，臺北：新文豐出版公司，1955年。
10.隋・智顗說，灌頂記：《四念處》，《大藏經》第46冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
11.隋・智顗說，灌頂記：《摩訶止觀》，《大正藏》第46冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
12.隋・智顗說：《妙法蓮華經文句》，《大正藏》第34冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
13.唐・不空譯：《佛說一切如來金剛壽命陀羅尼經》，《大藏經》第20冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
14.唐・玄奘譯：《不空羂索神呪心經》，《大藏經》第20冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
15.唐・希運說：《黃檗斷際禪師宛陵錄》，《大正藏》第48冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
16.唐・宗密：《禪源諸詮集都序》，《大正藏》第48冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
17.唐・澄觀撰：《大方廣佛華嚴經疏》，《大藏經》第35冊，臺北：新文豐出版社，1983年。
18.唐・澄觀述：《華嚴法界玄鏡》，《大正藏》第45冊，臺北：新文豐出版社，1983年。
19.唐・澄觀敕述，宗密隨疏鈔：《華嚴經行願品疏鈔》，《卍續藏經》第7冊，臺北：新文豐出版社，1993年。
20.南唐・靜、筠二禪德編著：《祖堂集》，藍吉富主編：《大藏經補編》第25冊，臺北：華宇出版社，1985年。
21.宋・可度詳解：《十不二門指要鈔詳解》，《卍續藏經》第100冊，臺北：新文豐出版公司，1993年。
22.宋・朱熹：《朱子文集》，上海：商務印書館，1937年。
23.宋・朱熹著，宋・黎靖德編，王星賢點校：《朱子語類》，北京：中華書局，1988年。
24.宋・朱熹著，廖名春點校：《周易本義》，北京：中華書局，2010年。
25.宋・邵雍著，郭彧整理：《邵雍集》，北京：中華書局，2010年。
26.宋・林希逸著，周啟成校注：《莊子鬳齋口義校注》，北京：中華書局，1997年。
27.宋・知禮述：《十不二門指要鈔》，《大藏經》第46冊，臺北：新文豐出版公司，1983年。
28.宋・張載：《張載集》，北京：中華書局，2012年。
29.宋・張載：《張橫渠先生文集》，《正誼堂全書》，臺北：藝文印書館，1969年，清康熙張伯行編同治左宗棠增刊本。
30.宋・陸九淵著，鍾哲點校：《陸九淵集》，北京：中華書局，2008年。
31.宋・普濟集：《五燈會元》，《卍新纂大日本續藏經》第1565冊，東京：國書刊行會，1975-1989年。
32.宋・曾慥編，李睿整理：《道樞》，據文物出版社、上海書店、天津古籍出版社1988年版《道藏》影印。
33.宋・程頤、程灝著，王孝魚點校：《二程集》，北京：中華書局，2020年。
34.宋・楊時編：《二程粹言》，《正誼堂全書》，臺北：藝文印書館，1969年，清康熙張伯行編同治左宗棠增刊本。
35.宋・蘇軾：《東坡易傳》，《文淵閣四庫全書》，香港：迪志文化出版公司，2005年。
36.明・尤時熙撰，李根輯：《尤西川先生擬學小記》，《四庫全書存目叢書》子部第9冊，臺南：莊嚴文化事業公司，據中國科學院圖書館藏清同治三年刻本影印。
37.明・方大鎮：《寧澹語》，清・方昌翰輯，彭君華校點：《桐城方氏七代遺書》，合肥：黃山書社，2019年。
38.明・方大鎮撰：《荷新義》，臺北：傅斯年圖書館藏，東京高橋情報，1991年，據日本內閣文庫藏明刊本影印。
39.明・方大鎮撰：《荷新韻二卷荷薪義六卷》，《四庫全書存目叢書》第74冊濟南：齊魯出版社，2001年，據日本內閣文庫明刻本影印。
40.明・方孔炤、清・方以智著，蔡振豐、李忠達、魏千鈞校注：《周易時論合編校注》，臺北：新文豐出版公司，2021年。
41.明・方以智：《一貫問答》，《方以智全書》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第3冊，安徽：黃山書社，2019年。
42.明・方以智：《冬灰錄》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第3冊，安徽：黃山書社，2019年。
43.明・方以智：《性故》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第4冊，安徽：黃山書社，2019年。
44.明・方以智：《通雅》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第4冊，安徽：黃山書社，2019年。
45.明・方以智：《物理小識》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第7冊，安徽：黃山書社，2019年。
46.明・方以智：《青原愚者禪師語錄》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第3冊，安徽：黃山書社，2019年。
47.明・方以智：《膝寓信筆》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第8冊，安徽：黃山書社，2019年。
48.明・方以智：《浮山文集前編》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第9冊，安徽：黃山書社，2019年。
49.明・方以智：《合山欒廬占》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第10冊，安徽：黃山書社，2019年。
50.明・方以智：《浮山文集後編》，黃德寬、諸偉奇主編：《方以智全書》第10冊，安徽：黃山書社，2019年。
51.明・方以智著，張昭煒點校：《象環寤記・易餘・一貫問答》，北京：九州出版社，2015年。
52.明・方以智著，蔡振豐、魏千鈞、李忠達校注：《藥地炮莊校注》，臺北：臺大出版中心，2017年。
53.明・方以智著，龐樸注釋：《東西均注釋》，北京：中華書局，2001年。
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56.明・方學漸：《東遊記》，清・方昌翰輯，彭君華校點：《桐城方氏七代遺書》，合肥：黃山書社，2019年。
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58.明・王心齋著，陳祝生等校點：《王心齋先生全集》，南京：江蘇教育出版社，2001年。
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63.明・王畿著，吳震編校：《王畿集》，南京：鳳凰出版社，2007年。
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65.明・永覺元賢：《永覺和尚廣錄》，《卍續藏經》第72冊，臺北：新文豐出版公司，1993年。
66.明・吕坤：《去僞齋文集》，《四庫全書存目叢書》第161冊，臺北：莊嚴文化事業公司，1997年，清康熙三十三年吕愼多刻本。
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68.明・吳道新，清・陳焯修訂：《浮山志》，合肥：黃山書社，2007年。
69.明・吳應賓著，張昭煒整理：《宗一聖論：古本大學釋論》，上海：復旦大學出版社，2019年。
70.明・宋濂著，黃靈庚編校：《宋濂全集》，北京：人民文學出版社，2014年。
71.明‧李贄：《焚書注》，張建業等編：《李贄全集注》第1冊，北京：社會科學文獻出版社，2010年。
72.明・李贄：《焚書注（二）》，張建業主編：《李贄全集注》第2冊，北京：社會科學文獻出版社，2010年。
73.明・李贄：《續焚書注》，張建業主編：《李贄全集注》第3冊，北京：社會科學文獻出版社，2010年。
74.明・沈德符：《萬曆野獲編》，北京：中華書局，1959年。
75.明・胡直撰，張昭煒編校：《胡直集》，上海：上海古籍出版社，2020年。
76.明・周汝登：《四書宗旨》，臺北：中國子學名著集成編印基金會，1978年。
77.明・周汝登：《東越證學錄》，《四庫全書存目叢書》集部第165冊，臺南：莊嚴文化事業公司，1997年，清華大學圖書館藏影印明萬曆刻本16卷本。
78.明・周汝登著，張夢新、張衛中點校：《周汝登集》，杭州：浙江古籍出版社，2015年。
79.明・為霖道霈：《為霖禪師旅泊菴稿》，《卍續藏經》第72冊，臺北：新文豐出版公司，1993年。
80.明・唐順之著，馬美信、黃毅點校：《唐順之集》，杭州：浙江古籍出版社，2014年。
81.明・唐鶴徵：《憲世編》，《四庫全書存目叢書》子部儒家類，臺南：莊嚴文化事業公司，1995年，據東北師範大學圖書館藏明萬曆四十二年(1614)純白齋刻本影印。
82.明・夏尚樸：《東岩集》，《文淵閣版四庫全書》第1271冊，上海：上海古籍出版社，1985年。
83.明・耿定向著，傅秋濤點校：《耿定向集》，上海：華東師範大學出版社，2015年。
84.明・朗目本智：《浮山法句》，《嘉興藏》第25冊，臺北：新文豐出版公司，1987年。
85.明・袁中道著，錢伯城點校：《珂雪齋集》，上海：上海古籍出版社，2011年。
86.明・袁宏道著，日・荒木見悟監修：《珊瑚林》，東京：ぺりかん社，2001年。
87.明・袁宗道著，錢伯誠標點：《白蘇齋類集》，上海：上海古籍出版社，2007年。
88.明・袁黃，《袁了凡先生兩行齋集》，臺北：國家圖書館善本書室藏，明天啟4年嘉興袁氏家刊本。
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101.明・虞淳熙：《虞德園先生集》，《四庫禁毁書叢刊》第43册，北京：北京出版社，1997年。
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104.明・湛若水著，鍾彩鈞、游騰達點校：《泉翁大全集》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2017年。
105.明・湛然圓澄：《湛然圓澄禪師語錄》，《續藏經》第72冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
106.明・湛若水著，游騰達、王文娟點校，鍾彩鈞審訂：《甘泉先生續編大全・補編》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2018年。
107.明・無念深有：《黃檗無念禪師復問》，《嘉興藏》第20冊，臺北：新文豐出版公司，1987年。
108.明・無異元來：《無異元來禪師廣錄》，《卍新纂大日本續藏經》第72冊，東京：國書刊行會，1975-1989年。
109.明・焦竑：《楞嚴經解評林》，《卍新纂大日本續藏經》第15冊，東京：株式會社國書刊行會，1975-1989。
110.明・焦竑著，李劍雄點校：《澹園集》，北京：中華書局，1999年。
111.明・雲棲祩宏：《雲棲法彙（選錄）》，《嘉興藏》第33冊，臺北：新文豐出版公司，1987年。
112.明・雲棲祩宏著，明學主編：《蓮池大師全集》，上海：上海古籍出版社，2011年。
113.明・馮從吾：《馮少墟集》，西安：西北大學出版社，2015年。
114.明・黃道周：《榕壇問業》，《景印文淵閣四庫全書》子部第717冊，臺北：臺灣商務印書館，1983年。
115.明・黃道周著：《黃道周集》，北京：中華書局，2017年。
116.明・黃綰撰，張宏敏點校：《黃綰集》，上海：上海古籍出版社，2014年。
117.明・楊起元：《太史楊復所先生證學編》，《四庫全書存目叢書》子部第90冊，臺南：莊嚴文化事業公司，據北京圖書館藏明萬曆四十五年佘永寧刻本，1995年。
118.明・楊起元撰，謝群洋點校：《證學編》，上海：上海古籍出版社，2016年。
119.明・萬廷言著，張昭煒點校：《萬廷言集》，北京：中華書局，2015年。
120.明・董其昌：《容臺文集》，《四庫全書存目叢書》集部第171冊，臺南：莊嚴文化事業公司，1997年，據清華大學圖書館藏明崇禎三年(1630)董庭刻本影印。
121.明・鄒元標：《願學集》，《文淵閣四庫全書》集部第1294冊，臺北：臺灣商務印書館，1983年。
122.明・鄒守益：《鄒氏學脈》，《續修四庫全書》子部938冊，上海：上海古籍出版社，2002年。
123.明・漢月法藏：《三峰藏和尚語錄》，《嘉興藏》第34冊，臺北：新文豐出版公司，1987年。
124.明・語風圓信編：《瑞州洞山良价禪師語錄》，《大正藏》第47冊，臺北：新文豐出版公司，1983年。
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127.明・管志道：《易測六龍解》，東京：尊經閣文庫藏，明萬曆二十一年序刊本。
128.明・管志道：《析理編》，東京：內閣文庫藏，明萬曆三十五年刊本。
129.明・管志道：《師門求正牘》，東京：內閣文庫藏，明萬曆二十四年序刊本。
130.明・管志道：《問辨牘》，東京：東京內閣文庫藏，明萬曆二十六年序刊本。
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135.明・管志道：《酬諮續錄》，東京：內閣文庫藏，明萬曆三十年序刊本。
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142.明・憨山德清：《古杭雲棲蓮池大師塔銘》，藍吉富主編：《大藏經補編》第23冊，北京：文物出版社，2013年。
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156.明・顧憲成：《顧端文公遺書》，《四庫全書存目叢書》子部第14冊，濟南：齊魯書社，1995年，據清光緒三年刻本影印。
157.明・顧憲成：《顧端文公遺書》，北京：愛如生資料庫，據清康熙刻本，合肥：黃山書社，2008年。
158.明・顧憲成著，李可心點校：《小心齋劄記》，北京：中國社會科學出版社，2020年。
159.明・錢一本：《黽記》，《四庫全書存目叢書》子部第14冊，臺南：莊嚴文化事業公司，1995，據中國科學院圖書館藏明萬曆四十一年(1613)刻本影印。
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162.清・王夫之：《讀四書大全說》，北京：中華書局，1975年。
163.清・呂留良著，俞國林點校：《四書講義》，北京：中華書局，2017年。
164.清・宗寶道獨著，今釋重編：《宗寶道獨禪師語錄》，《續藏經》第72冊，臺北：新文豐出版公司，1988年。
165.清・俍亭凈挺：《俍亭禪師語錄》，《徑山藏》第128冊，北京：北京國家圖書館，2016年。
166.清・徐開任輯：《明名臣言行錄》，《明代傳記資料叢刊》第5冊，北京：北京圖書館出版社，2008年。
167.清・馬其昶：《桐城耆舊傳》，安徽：黃山書社，2013年。
168.清・高廷珍，《東林書院志》，《續修四庫全書》史部第721冊，上海：上海古籍出版社，1997年，據上海圖書館藏清雍正十一年(1733)刻本影印。
169.清・張履祥著，陳祖武點校：《楊園先生全集》，北京：中華書局，2002年。
170.清・郭慶藩撰，王孝魚點校：《莊子集釋》，北京：中華書局，1985年。
171.清・陳鼎：《東林列傳》，北京：愛如生資料庫，清文淵閣四庫全書本，合肥：黃山書社，2008年。
172.清・黃宗羲：《明儒學案》，北京：中華書局，2008年。
173.清・黃宗羲著，沈善洪、吳光主編：《黃宗羲全集》，杭州：浙江古籍出版社，2005年。
174.清・劉咸炘：《推十書：增補全本》，上海：上海科學技術文獻出版社，2009年。
175.清・董欽德等輯：《康熙會稽縣志》，臺北：成文出版公司，1983年。
二、近人論著（依作者姓氏筆劃排序）
（一）專書（含論文集）
1.太虛：《太虛大師全書》，北京：宗教文化出版社，2005年。
2.王汎森：《權力的毛細管作用：清代的思想、學術與心態》，臺北：聯經出版事業公司，2013年。
3.古清美：《明代理學論文集》，臺北：大安出版社，1990年。
4.古清美：《顧涇陽、高景逸思想之比較研究》，臺北：大安出版社，2004年。
5.江淑君：《明代老子學詮解的義理向度》，臺北：臺灣學生書局，2018年。
6.江燦騰：《晚明佛教改革史》，桂林：廣西師範大學出版社，2006年。
7.江燦騰：《晚明佛教叢林改革與佛學諍辯之研究——以憨山德清的改革生涯為中心》，臺北：新文豐出版公司，1990年。
8.牟宗三：《心體與性體》，《牟宗三全集》第5冊，臺北：聯經出版事業公司，2003年。
9.牟宗三：《中國哲學的特質》，《牟宗三先生全集》第28冊，臺北：聯經出版事業公司，2003年。
10.牟宗三：《從陸象山到劉蕺山》，臺北：臺灣學生書局，2011年。
11.牟宗三：《圓善論》，臺灣：臺灣學生書局，2019年。
12.余英時：《人文與理性的中國》，上海：上海古籍出版社，2001年。
13.余英時：《中國思想傳統的現代詮釋》，臺北：聯經出版事業公司，1987年。
14.余英時：《歷史與思想》，臺北：聯經出版事業公司，1976年。
15.吳汝鈞：《唯識學與精神分析：以阿賴耶識與潛意識為主》，臺北：臺灣學生書局，2014年。
16.吳孟謙：《融貫與批判：管東溟的思想及其時代》，臺北：允晨文化實業公司，2017年。
17.吳震：《明代知識界講學活動繫年：1522-1602》，上海：學林出版社，2003年。
18.吳震：《羅汝芳評傳》，南京：南京大學出版社，2005年。
19.呂妙芬：《成聖與家庭人倫：宗教對話脈絡下的明清之際儒學》，臺北：聯經出版事業公司，2017年。
20.李明輝、葉海煙、鄭宗義合編：《儒學、文化與宗教：劉述先先生七秩壽慶論文集》，臺北：臺灣學生書局，2006年。
21.李明輝：《孟子重探》，臺北：聯經出版事業公司，2001年。
22.李明輝：《儒家與康德》，臺北：聯經出版事業公司，2018年。
23.李似珍、金玉博譯注：《化書；無能子》，北京：中華書局，2020年。
24.周熾成：《復性收攝——高攀龍思想研究》，北京：人民出版社，2007年。
25.林月惠：《良知學的轉折：聶雙江與羅念菴思想之研究》，臺北：臺大出版中心，2005年。
26.林月惠：《詮釋與工夫：宋明理學的超越蘄嚮與內在辯證》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2008年。
27.林宜蓉：《夢域想像與文化衍異：明清自撰年譜及儒業類善書之個案考察》，臺北：萬卷樓出版社，2020年。
28.林鎮國：《空性與方法——跨文化佛教哲學十四講》，臺北：政大出版社，2012年。
29.林鎮國、簡凱廷編：《近世東亞《觀所緣緣論》珍稀注釋選輯》，臺北：佛光文化出版社，2018年。
30.林建德：《心識與解脫：對比視域下的佛教心意識理論》，臺北：臺大出版中心，2020年。
31.侯潔之：《晚明王學由心轉性的本體詮釋》，臺北：政大出版社，2012年。
32.金宜久：《中國伊斯蘭探秘：劉智研究》，北京：東方出版社，1999年。
33.胡適：《胡適文存》第3集，臺北：遠東圖書公司，1953年。
34.唐君毅：《中國哲學原論・原性篇》，《唐君毅先生全集卷13》，臺北：臺灣學生書局，1984年。
35.唐君毅：《中國哲學原論・原教篇》，《唐君毅先生全集卷19》，臺北：臺灣學生書局，1984年。
36.徐波：《由湍水之喻到幽暗意識：理學視域下的人性善惡論新探》，上海：上海三聯書店，2019年。
37.徐聖心：《青天無處不同霞——明末清初三教會通管窺》，臺北：臺大出版中心，2010年。
38.徐聖心：《莊子內篇夢字義蘊試詮》，臺北：花木蘭文化出版社，2013年。
39.徐聖心：《心之無對性：先秦儒學體現的文化性格》（臺北：臺大出版中心，2021），
40.高瑋謙：《王龍溪哲學系統之建構——以「見在良知」說為中心》，臺北：臺灣學生書局，2009年。
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47.梁啟超：《清代學術概論》，北京：中華書局，2010年。
48.許朝陽：《善惡皆天理：宋明儒者對善惡本體義蘊之探討》，臺北：文史哲出版社，2014年。
49.陳永革：《晚明佛教思想研究》，北京：宗教文化出版社，2007年。
50.陳永革：《陽明學派與晚明佛教》，北京：中國人民出版社，2009年。
51.陳懷宇：《近代傳教士論中國宗教——以慕維廉〈五教通考〉為中心》，上海：上海人民出版社，2012年。
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63.麥仲貴：《王門諸子致良知學之發展》，香港：香港中文大學，1973年。
64.勞思光：《新編中國哲學史》第3冊，臺北：三民書局，1989年。
65.喬清舉：《湛若水思想研究》，臺北：文津出版社，1993年。
66.彭國翔：《良知學的展開：王龍溪與中晚明的陽明學（增訂版）》，北京：生活・讀書・新知三聯書店，2015年。
67.彭國翔：《良知學的展開——王龍溪與中晚明的陽明學》，臺北：臺灣學生書局，2003年。
68.彭國翔：《近世儒學史的辨正與鉤沉》，臺北：允晨文化實業公司，2013年。
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70.曾陽晴：《無善無惡的理想道德主義》，臺北：國立臺灣大學出版委員會，1992年。
71.楊國榮：《良知與心體——王陽明哲學研究》，臺北：洪葉文化公司，1999年。
72.楊儒賓、祝平次編撰：《儒學的氣論與工夫論》，臺北：臺大出版中心，2005年
73.楊儒賓：《異議的意義——近世東亞的反理學思潮》，臺北：臺大出版中心，2012年。
74.楊儒賓：《儒門內的莊子》，臺北：聯經出版事業公司，2016年。
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76.廖肇亨：《中邊・詩禪・夢戲——明末清初佛教文化論述的呈現與開展》，臺北：允晨文化實業公司，2008年。
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78.劉述先：《朱子哲學思想的發展與完成》，臺北：臺灣學生書局，1984年。
79.劉藝：《鏡與中國傳統文化》，成都：巴蜀書社，2004年。
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81.劉海濱：《焦竑與晚明會通思潮》，上海：華東師範大學出版社，2009年。
82.劉琳娜：《道德與解脫：中晚明士人對儒家生死問題的辯論與詮釋》，成都：巴蜀書社，2020年。
83.劉義章、黃玉明主編：《不同而和─基督教與伊斯蘭教在中國的對話與發展》，香港：建道神學院，2010年。
84.蔡淑閔：《王陽明四句教之開展與衍化》，臺北：花木蘭文化出版社，2012年。
85.蔡龍九：《《朱子晚年定論》與朱陸異同》，臺北：花木蘭文化出版社，2011年。
86.蔣人杰編纂：《說文解字集註》，上海：上海古籍出版社，1996年。
87.蔣國保：《方以智哲學思想研究》，合肥：安徽人民出版社，1987年。
88.鄧克銘：《華嚴思想之心與法界》，臺北：文津出版社，1997年。
89.鄧克銘：《王陽明思想觀念研究》，臺北：臺大出版中心，2010年。
90.鄭宗義：《明清儒學轉型探析：從劉蕺山到戴東原（增訂本）》，香港：香港中文大學出版社，2009年。
91.錢明：《王陽明及其學派論考》，北京：人民出版社，2009年。
92.錢新祖著，宋家復譯：《焦竑與晚明新儒思想的重構》，臺北：臺大出版中心，2014年。
93.錢穆：《中國近三百年學術史》，《錢賓四先生全集》，臺北：聯經出版事業公司，1994年。
94.錢穆：《錢賓四先生全集》，臺北：聯經出版事業公司，1994年。
95.錢穆：《朱子新學案》，臺北：聯經出版事業公司，1998年。
96.戴璉璋：《周易經傳疏解》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2021年。
97.謝明陽：《明遺民的「怨」「群」詩學精神》，臺北：大安出版社，2004 年。
98.謝明陽：《明遺民的莊子定位問題》，臺北：國立臺灣大學出版委員會，2001年。
99.鍾彩鈞：《王陽明思想之進展》，臺北：文史哲出版社，1983年。
100.鍾彩鈞：《明代心學的文獻與詮釋》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2020年。
101.鍾彩鈞：《明代程朱理學的演變》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2018年。
102.魏月萍：《君師道合：晚明儒者的三教合一論述》，臺北聯經出版事業公司，2016年。
103.嚴壽澂：《近世中國學術通變論叢》，臺北：華泰文化事業公司，2003年。
104.嚴耀中：《漢傳密教》，上海：學林出版社，1999年。
105.釋聖嚴：《明末佛教研究》，臺北：東初出版社，1992年。
106.龔鵬程：《晚明思潮》，臺北：里仁書局，1994年。

（二）單篇論文
1.丁城際、李波：〈明代桐城理學〉，《中國哲學史》2010年第4期，頁104-113。
2.王格：〈「九諦九解」之爭始末考〉，《哲學動態》2014年第12期，頁40-45。
3.王格：〈「心學真宗」：論萬曆時期的王學與佛教之關係〉，《中山大學學報（社會科學版）》2015年第3期，頁113-120。
4.王格：〈同鄉、同道與宗門：周汝登的佛教社群交往與居士身份認同問題〉，釋妙江主編：《身份認同及群體建構——第四屆五臺山信仰國際學術研討會論文集》，壹北：新文豐出版公司，2018年，頁495-509。
5.王格：〈學承和學脈：周汝登「學派歸屬」的重新認定〉，《中國哲學史》2018年第2期，頁74-83。
6.王啟元：〈徘徊於菩薩與耶穌之間——崇禎宮廷信仰變遷及其影響〉，《國際比較文學》2021年第4期，頁700-713。
7.王矞慈：〈心物之間——從朱得之《莊子通義》一書見明代陽明學與莊學互涉之意義〉，《漢學研究》第37卷第3期，2019年9月，頁57-87。
8.王矞慈：〈三教一道論之伏流——從明儒王道思想中見老子學與儒學交涉的思想史意義〉，《漢學研究》第39卷第4期（2021年12月），頁137-174。
9.王煜：〈方以智倡三教歸「易」論〉，《中國文化月刊》第56期，1984年6月，頁30-39。
10.王璐：〈明代儒家省過工夫的發展脈絡——以儒家修身日記為中心的考察〉，《史學月刊》2020年第6期，頁24-44。
11.田探：〈「九諦九解」之爭新探——對晚明一樁學術公案的重新考察〉，《湖北社會科學學報》2017年第7期，頁111-115。
12.任少武：〈論方以智《易餘》一書的家學淵源〉，《鵝湖月刊》第47卷第6期，頁23-42。
13.米文科、劉學智：〈儒佛之辨與王陽明三教思想的变化〉，《哲學研究》2019年第7期，頁48-56。
14.米文科：〈論焦竑對王陽明三教一道思想的發展與轉變——儒釋道三教關係視域下的陽明心學思想建立之檢討〉，《貴陽學院學報（社會科學版）》第15卷第3期，2020年6月，頁8-13。
15.何威萱：〈「歸寂」之前——聶豹早年學思抉微〉，《清華學報》第50卷第2期，2020年6月，頁234-273。
16.余英時：〈士商互動與儒學轉向——明清社會史與思想史之一面相〉，《儒學倫理與商人精神》，沈志佳編：《余英時文集》第3卷，桂林：廣西師範大學出版社，2004年，頁194-201。
17.余英時：〈重訪焦竑的思想世界〉，《人文與理性的中國》，上海：上海古籍出版社，2001年，頁68-102。
18.吳莉葦：〈晚明杭州佛教界與天主教的互動——以雲棲袾宏及其弟子爲例〉，《中華文史論叢》第113期，2014年1月，頁325-395。
19.吳光正：〈苦行與試煉——全真七子的宗教修持與文學創作〉，《中國文哲研究通訊》第23卷第1期，2013年3月，頁39-67。
20.吳孟謙：〈晚明「身心性命」觀念的流行：一個思想史觀點的探討〉，《清華學報》新44卷第2期，2014年6月，頁231。
21.吳孟謙：〈晚明心學成聖論述的變化——以羅近溪、管東溟為主要線索〉，《臺大中文學報》第44期，2014年3月，頁103-148。
22.吳孟謙：〈晚明清初佛門對儒道世界觀的評判：以《楞嚴經》為核心〉，《成大中文學報》第65期，2019年6月，頁155-192。
23.吳孟謙：〈晚明儒學關於生死輪迴的思考：以虞山書院的講論為核心〉，《明代研究》第36期，2021年6月，頁103-144。
24.吳震：〈17世紀晚明「功過格」的新趨向〉，《社會科學》2015年第6期，頁112-123。
25.吳震：〈事天與尊天——明末清初地方儒者的宗教關懷〉，《清華學報》第39卷第1期，2009年3月，頁125-163。
26.吳震：〈晚明心學與宗教趨向〉，《雲南大學學報（社會科學版）》第8卷第3期，2009年5月，頁32-95。
27.吳震：〈鄭齊斗思想緒論〉，《韓國研究論叢》2005年，頁315-344。
28.吳震：〈明清之際人性論述的思想轉變及其反思〉，《道德與文明》2022年第2期，頁106-116
29.呂妙芬：〈《西銘》為《孝經》之正傳？──論晚明仁孝關係的新意涵〉，《中國文哲研究集刊》第33期，2008年9月，頁139-172。
30.呂妙芬：〈儒釋交融的聖人觀：從晚明儒家聖人與菩薩形象相似處及對生死議題的關注談起〉，《中研院近史所研究集刊》第32期，1999年12月，頁165-208。
31.李卓穎：〈地方性與跨地域性：從「子游傳統」之論述與實踐看蘇州在地文化與理學之競合〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》第82本第2分，2011年6月，頁 369-398。
32.李奭學：〈《明末清初天主教和佛教的護教辯論》書評〉，《中國文哲研究集刊》第20期，2001年3月，頁41-44。
33.李林：〈處境之辯與本色之難─本土化視域中的基督教與伊斯蘭教對話〉，劉義章、黃玉明主編：《不同而和─基督教與伊斯蘭教在中國的對話與發展》，香港：建道神學院，2010年，頁33-54。
34.李明輝：〈從康德的實踐哲學論王陽明的「知行合一」說〉，《中國文哲研究集刊》第4期，1994年3月，頁415-440。
35.周玟觀：〈爐鞴與兵法——晦山戒顯《禪門鍛鍊說》的兩種概念譬喻探析〉，《臺大佛學研究》第39期，2020年6月，頁93-143。
36.周黃琴：〈晚明《楞嚴》之諍與詮釋依據問題——以雲棲祩宏的《楞嚴摸象記》為例〉，《學術研究》2019年第7期，頁24-31。
37.周勤勤：〈方以智「∴說」解析〉，《中國社會科學院研究生院學報》2005年第5期，頁94-102。
38.周勤勤：〈方以智均、易哲學關係探析〉，《中國社會科學院研究生院學報》2003年第6期，頁12-17。
39.周群：〈易道與身心修養——以「龍溪」、「近溪」的易學思想為例〉，《中國哲學史》2007年第1期，頁21-29。
40.周群：〈晚明文士與楞嚴經〉，《江海學刊》第6期，2013年11月，頁178-187。
41.周群：〈論近溪對明道「一體論」的遠祧與變異〉，《福建論壇・人文社會科學版》2008年第1期，頁9-14。
42.林月惠：〈「異議」的再議──近世東亞的「理學」與「氣學」〉，《東吳哲學學報》，第34期，2016年8月，頁97-144。
43.林月惠：〈良知與知覺——析論羅整菴與歐陽南野的論辯〉，《中國文哲研究集刊》第34期，2009年3月，頁287-317。
44.林月惠：〈唐君毅、牟宗三的陽明後學研究〉，《杭州師範大學學報（社會科學版）》2010年第1期，頁20-33。
45.林月惠：〈理學的第三系？氣學的商榷〉，林月惠主編：《中國哲學的當代議題：氣與身體》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2019年，頁49-91。
46.林建德：〈論初期佛教「識」之概念及其特點——與現今主流學界意識研究作對比〉，《揭諦》第18期，2010年1月，頁1-44。
47.林維杰：〈王陽明論知行：一個詮釋倫理學的解讀〉，《臺灣東亞文明研究學刊》第8卷第2期，2011年12月，頁205-235。
48.侯潔之：〈無善無惡之辯：以管東溟、顧涇陽論戰為中心的探討〉，《文與哲》第31期，2017年12月，頁379-417。
49.姜美愛：〈朱陸之學論戰與《朱子晚年定論》的誕生——一樁五百年來「陸化朱學」理學公案的破解〉，《孔子研究》2018年第5期，頁39-53。
50.耿晴：〈「道體活不活動」源自於佛教的爭論？——從佛學角度檢討牟宗三關於宋明理學分系的判準〉，周大興編：《中國哲學義理的詮釋類型與論爭》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2019年，頁175-200。
51.夏伯嘉：〈宗教信仰與夢文化——明清之際天主教與佛教的比較探索〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》第76本第2分，2005年6月，頁209-248。
52.夏志前：〈《楞嚴》之諍與晚明佛教——以《楞嚴經》的詮釋為中心〉，《中國哲學史》2007年第3期，頁26-33。
53.夏志前：〈《楞嚴經》與晚明北宗禪〉，《華東師範大學學報（哲學社會科學版）》2011年第3期，頁92-98。
54.夏長樸：〈變與不變——王守仁與湛若水的交往與論學〉，《國際陽明學研究》第3卷，上海：上海古籍出版社，2013年，頁4-34。
55.孫國柱：〈「學」的本體、工夫與境界——以方以智為中心的討論〉，《中國哲學史》2021年第4期，頁101-106。
56.徐敏媛：〈李道純守中治和研究〉，《宗教哲學》第57期，2011年9月，頁123-140。
57.徐聖心：〈位移・開眼・合一・反相——《莊子》論天人關係重探〉，《臺大中文學報》第57期，2017年6月，頁17-58。
58.張永義：〈從《心學宗》看方學漸的學脈歸屬問題〉，《船山學刊》2016年第1期，頁76-80。
59.張昭煒：〈方以智追問自我及元聲〉，《世界宗教研究》2016年第3期，頁80-90。
60.張昭煒：〈陽明學的病與藥〉，《鵝湖月刊》第533期，2019年11月，頁25-33。
61.張美娟：〈試論王龍溪「良知靈氣」說宇宙圖式及其在文藝美學上的意義〉，《師大學報》第58期，2013年3月，頁83-105。
62.張美娟：〈王龍溪思想中「情」的含義——從氣論的角度切入〉，《漢學研究》第33卷第1期，2015年3月，頁129-162。
63.張雅雯：〈棒喝宗風中的經教趨向：清初仁山震《金剛三昧經通宗記》初探〉，《中華佛學研究》2008年第19期，頁107-148。
64.張天杰：〈清初學者對王陽明「四句教」的批駁－從呂留良與陸隴其的「尊朱辟王」談起〉，《哲學與文化》，2022年1月，頁63-79。
65.梁麗玲：〈歷代僧傳「感通夢」的書寫與特色〉，《臺大佛學研究》第30期，2015年12月，頁65-104。
66.連瑞枝：〈漢月法藏（1573-1635）與晚明三峰宗派的建立〉，《中華佛學學報》，第9期，1996年7月，頁167-208。
67.郭振香：〈論方大鎮的易學思想〉，《安徽大學學報（哲學社會科學版）》2020年第3期，頁41-48。
68.陳玉璽：〈唯識學的現代思路——以唯識實證方法整合佛教思想〉，《新世紀宗教研究》第11卷第2期，2012年12月，頁1-68。
69.陳士誠：〈康德於《單在理性範圍內之宗教》〉中的自由理論〉，《政治大學哲學學報》第15期，2006年1月，頁49-80。
70.陳士誠：〈牟宗三先生論道德惡與自由決意〉，《揭諦》第16期，2009年2月，頁29-68。
71.陳士誠：〈知行合一之哲學史及其倫理學的先驗說明之探究〉，《國立臺灣大學哲學論評》第54期，2017年10月，頁43-82。
72.陳士誠：〈以陽明自蔽其心之自我概念論人之惡〉，《中國文哲研究集刊》第52期，2018年3月，頁45-78。
73.陳士誠：〈孟子論作惡者—一個倫理學之比較研究〉，《清華學報》，第48卷第4期，2018年12月，頁691-723。
74.陳永革：〈修性與修命：晚明佛道之辨及其效應〉，《江蘇行政學院學報》2002年第2期，頁16-25。
75.陳立勝：〈王陽明「四句教」的三次辯難及其詮釋學義蘊〉，《臺大歷史學報》第29期，2002年6月，頁1-27。
76.陳立勝：〈惻隱之心、他者之痛與疼痛鏡像神經元——對儒家以「識痛癢」論仁思想一系的現代解釋〉，《社會科學》2016年第12期，頁110-120。
77.陳立勝：〈惻隱之心：「同感」、「同情」與「在世基調」〉，《哲學研究》2012年第1期，頁19-26。
78.陳立勝：〈聖人有過：王陽明聖人論的一個面向〉，《學術研究》2007年第4期，頁72-77。
79.陳佳銘：〈聶雙江歸寂思想的「超越的體證」型態之研究〉，《中正漢學研究》第24期，2014年12月，頁67-94。
80.陳來：〈王陽明晚年思想的感應論〉，《深圳社會科學》2020年第2期，頁40-50。
81.陳東：〈浮山法遠代傳曹洞宗法脈考述〉，《安慶師範學院學報（社會科學版）》第31卷第4期，2012年8月，頁100-104。
82.陳時龍，〈十六、十七世紀徽州府的講會活動〉，《國立政治大學歷史學報》20期，2003年，頁133-183。
83.陳時龍，〈從首善書院之禁毀看晚明政治與講學的衝突〉，《史學月刊》2003年第8期，頁40-45。
84.陳時龍，〈晚明書院結群現象研究——東林書院網絡的構成、宗旨與形成〉，《安徽史學》2003年第5期，頁5-11。
85.陳海茵：〈明清科舉夢兆中的「天榜」想像〉，《淡江中文學報》第42期，2020年6月，頁119-152。
86.陳椰：〈夢論與睡功：睡夢的理學義蘊〉，《周易研究》2013年第2期，頁87-96。
87.陳椰：〈嶺南楊明學與白沙學的互動交融〉，《學術研究》2017年第9期，頁29-35。
88.陳榮灼：〈黄宗羲氣論之重新定位〉，《中央大學人文學報》第44期，2010年10月，頁1-28。
89.陳睿宏：〈論林栗易學銷沉之原由——從與朱熹之歧異進行開展〉，《政大中文學報》第23期，2015年6月，頁67-102。
90.陳福濱、黃偉銘：《儒佛會通：晚明「居士佛教」與陽明後學》，《吉林師範大學學報（人文社會科學版）》第3期，2020年5月，頁7-13。
91.陳憲中：〈九諦九解問題之探究〉，《鵝湖月刊》第44卷第3期，2018年9月，頁36-52。
92.陳靜芳：〈明末禪宗壽昌系嗣法的隱微之諍〉，《臺灣東亞文明研究學刊》第13卷第2期，2016年12月，頁 147-179。
93.陳慧宏：〈「文化相遇的方法論」──評析中歐文化交流研究的新視野〉，《臺大歷史學報》第40期，2007年12月，頁239-278。
94.陳英善：〈從「開權顯實」論法華之妙〉，《中華佛學學報》第14期，2001年9月，頁293-308。
95.傅新毅：〈作為方法的漢傳唯識學〉，《世界宗教文化》2019年第6期，頁121-126。
96.傅新毅：〈經量部的種子說及其理論困境〉，《西南民族大學學報（人文社會科學版）》2020年第4期，頁56-60。
97.勞思光：〈王門功夫論問題之爭議及儒學精神之特色〉，《思辨錄：思光近作集》，臺北：三民書局，1996年，頁55-97。
98.彭國翔：〈陽明後學工夫論的演變與型態〉，《浙江學刊》，2005年第1期，頁28-35。
99.彭戰果：〈《易餘》與方以智的易學觀〉，《周易研究》2011年第4期，頁72-76。
100.彭文本：〈良知的辯證──康德、費希特、牟宗三的理論比較研究〉，《臺大文史哲學報》，第69期，2008年11月，頁273-308。
101.曾帆：〈「自律」與「性覺」——論牟宗三宋明理學判教中的問題意識〉，《中國文哲研究集刊》第57期，2020年9月，頁63-101。
102.游騰達：〈慈湖學說在明代中葉的迴響——以陽明後學評騭「不起意」說為焦點〉，《國文學報》第43期，2008年6月，頁75-107。
103.游騰達：〈證顯形上心體之「一系」說——論唐君毅言宋明儒學之發展趨向〉，《中國文哲研究集刊》第54期，2019年3月，頁115-152。
104.程曦：〈從《東西均》「藥」喻看方以智集大成思想的特質〉，《中國社會科學院研究生院學學報》2008年第2期，頁131-137。
105.賀廣如：〈心學《易》之發展：楊慈湖和王龍溪的《易》學比較〉，《中國文化研究所學報》第52期，2011年1月，頁1-32。
106.賀晏然：〈晚明居士文人的問道與求仙〉，《澳門理工學報》2016年第3期，頁193-202。
107.黃克武：〈清代考證學的淵源——民初以來研究成果之評介〉，《近代中國史研究通訊》第11期，1991年3月，頁140-154。
108.黃夏年：〈浮山華嚴寺朗目本智禪師評傳〉，《江淮論壇》2008年第2期，頁162-172。
109.黃連忠：〈論曹洞禪對華研思想的詮釋及其實踐：從石頭希遷〈參同契〉到洞山良价〈寶鏡三昧歌〉的發展為考察中心〉，《圓光佛學學報》第25期（2015年6月），頁31-56。
110.黃莘瑜：〈以風韻寫天真——從陳獻章到王夫之〉，《漢學研究》第35卷第2期，2017年6月，頁261-286。
111.黃繼立：〈鄒東廓家學：以《鄒氏學脉》為主線之探究〉，《當代儒學研究第18期，2015年6月，頁59-101。
112.楊祖漢：〈從劉蕺山對王陽明的批評看蕺山學的特色〉，鍾彩鈞主編：《劉蕺山學術思想論集》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，1998年，頁27-31。
113.楊儒賓：〈儒門別傳——明末清初《莊》《易》同流的思想史意義〉，鍾彩鈞、楊晉龍主編：《明清文學與思想中之主體意識與社會‧學術思想篇》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2004年，頁284-285。
114.楊儒賓：〈異議也可以是教義——回應〈「異議」的再議〉〉，《東吳哲學學報》第36期，2017年8月，頁145-174。
115.楊儒賓：〈重省理學的第三系說〉，林月惠主編：《中國哲學的當代議題：氣與身體》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2019年，頁93-132。
116.楊儒賓：〈情歸何處——晚明情思想的解讀〉，《中國哲學與文化》第18輯，上海：上海古籍出版社，2020年11月，頁100-152。
117.楊儒賓：〈相偶論與一體論〉，《清華學報》第52卷第2期，2022年6月，頁249-302。
118.楊晉龍：〈穆斯林學者王岱輿著作引述及應用經書探論〉，《中國文哲研究集刊》第43期，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2013年，頁173-216。
119.楊維中：〈明代普泰系、高原明昱系華嚴宗、唯識學傳承考述〉，《2015年華嚴專宗國際學術研討會論文集》，臺北：華嚴蓮社，2018年，上冊，頁109-132。
120.廖肇亨：〈欲識玄玄公案，黃粱未熟以前：從《谷響集》看明季滇僧徹庸周理的思想淵源與精神境界〉，《法鼓佛學學報》第14期，2014年4月，頁164-201。
121.錢明：〈當代日本陽明學研究的新路徑——評山田方谷研究的兩本新書〉，《孔學堂》，2015年1月，頁71-77。
122.劉芷瑋，〈一致性與多元性的詮釋策略：晚明莊子學研究回顧與展望（1977-2014）〉，《中國文哲研究通訊》第26卷第3期，2016年9月，頁77-96。
123.劉勇：〈黃宗羲對泰州學派歷史形象的重構——以《明儒學案》〈顏鈞傳〉的文本檢討爲例〉，《漢學研究》第26卷第1期，2008年3月，頁165-196。
124.劉偉：〈方以智「密衍」思想發微〉，《周易研究》2009年第6期，頁38-44。
125.劉耿：〈與神對視：明末清初第一代天主教徒的聖夢〉，《史林》2018年第1期，頁82-95。
126.劉澤亮、田希：〈陶奭齡著述考論〉，《孔子研究》2019年第5期，頁135-142。
127.劉澤亮：〈以禪證儒：陶奭齡師友及其影響〉，《中國越學》第13輯，北京：中國社會科學出版社，2021年，頁78-87。
128.劉錦賢：〈儒道釋三家鏡喻析論〉，《興大中文學報》第42期（2017年12月），頁79-118。
129.蔡仁厚：〈周海門「九諦九解之辨」的疏解——王門天泉「四無」宗旨之論辯（上下）〉，《鵝湖月刊》第4-5期，1975年10-11月，頁20-26、頁11-20。
130.蔡振豐：〈中國哲學中的體用義〉，《杭州師範大學學報（社會科學版）》第5期，2017年9月，頁36-45。
131.蔡振豐：〈覺浪道盛與方以智的孔子觀〉，黃俊傑主編：《東亞視域中孔子的形象與思想》，臺北：臺大出版中心，2015年，頁131-165。
132.蔡源林：〈從王岱輿的「三一」說論伊斯蘭與儒家傳統的對話〉，劉述先、林月惠主編：《當代儒學與西方文化：宗教篇》，臺北：中央研究院中國文哲所，2005年，頁297-336。
133.蔡源林：〈劉智《天方性理》對宗教「他者」的建構〉，《臺灣東亞文明研究學刊》，第4卷第2期，臺北：國立臺灣大學人文社會高等研究院，2007年，頁55-84。
134.蔣國保：〈論《藥地炮莊》的成書與省稱——兼答對蔣國保觀點的質疑〉，《清華大學學報（哲學社會科學版）》，2021年第1期，頁130-205。
135.鄧克銘：〈東林學派顧憲成之四書說解〉，《鵝湖學誌》第48期，2012年6月，頁1-38。
136.鄧秀梅：〈儒家如何詮釋「氣具形而上之涵意」 ——以唐君毅先生論氣為例〉，《中央大學人文學報》第56期，2013年10月，頁63-106。
137.鄭宗義：〈本體分析與德性工夫——論宋明理學研究的兩條進路〉，林維杰、黃冠閔、李宗澤主編：《跨文化哲學中的當代儒學：工夫、方法與政治》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2016年5月，頁73-106。
138.鄭宗義：〈論明清之際儒學一元化傾向〉，《中國文化研究所學報》第65期，2017年7月，頁181-199。
139.鄭家棟：〈心性與道體：「中國哲學」詮釋的兩種路向——從楊儒賓《五行原論》談起〉，《漢學研究》第39卷第4期，2021年12月，頁175-227。
140.鄭晨寅：〈孟子知《易》說綜論〉，《孔子研究》2016年第3期，頁31-37。
141.鄭燦山：〈許敬庵、周海門九諦九解之辯〉，《國立編譯館館刊》第25卷第2期，1996年12月，頁143-159。
142.賴柯助：〈王陽明良知內在論的建構與定位〉，《國立政治大學哲學學報》第44期，2020年7月，頁1-66。
143.賴柯助：〈再論牟宗三的宋明儒學的判教構想：兼論耿晴教授對牟宗三儒學詮釋的省思〉，《宋明清儒學國際學術研討會會議論文（未正式出版）》，2021年9月，無頁碼。
144.戴璉璋：〈王陽明與周易〉，《中國文哲研究集刊》第17期，2000年9月，頁389-403。
145.謝仁真：〈方以智思想中「不落有無」與境界超越的問題〉，《華梵大學第五次儒佛會通學術研討會論文集》，臺北：華梵大學哲學系出版，2001年，頁179-239。
146.謝明陽：〈〈齊物論〉「成心」舊注詮評〉，《東華漢學》第3期，2005年5月，頁23-49。
147.謝居憲：〈「萬物一體」的理想如何可能——以家庭為實踐起點〉，《華梵人文學報》第16期，2011年7月，頁121-146。
148.謝居憲：〈羅近溪之家庭哲學〉，《鵝湖學誌》第49期，2012年12月，頁75-113。
149.鍾彩鈞：〈王陽明的無善無惡說〉，方祖猷、滕復主編：《論浙東學術》，北京：中國社會科學出版社，1995年，頁85-96。
150.鍾彩鈞：〈吳康齋的學術與生活〉，《中國文哲研究集刊》第10期，1997年3月，頁269-316。
151.鍾彩鈞：〈湛甘泉哲學思想研究〉，《中國文哲研究集刊》第19期，2001年9月，頁345-403。
152.鍾彩鈞：〈王龍溪的本體論與工夫論〉，《東海中文學報》第22期，2010年7月，頁93-124。
153.韓偉：〈楊慎對焦竑之影響考釋〉，《古籍整理研究學刊》2013年第2期，頁92-98。
154.簡凱廷：〈晚明唯識學作品在江戶時代的流傳與接受初探〉，《中華佛學研究》第16期，2015年11月，頁43-72。
155.鄺明威：〈宋濂的內丹養生法——兼論其儒、道會通思維〉，《鵝湖月刊》第 513期，2018年3月，頁22- 31。
156.魏月萍：〈悟道之機—晚明儒者「屢空」、「屢中」的詮釋特色〉，《漢學研究》第35卷第2期，2017年6月，頁129-158。
157.龔開喻：〈構建心學道統：陶望齡與周汝登之交往〉，《南洋理工學院學報》2019第1期，頁55-59。
（三）學位論文
1.李忠達：《擁抱禪悟——晚明越中地區王學的思想與佛教信仰》，臺北：臺灣大學中國文學研究所博士論文，2017年，鍾彩鈞先生指導。
2.張藝曦：《講學與政治：明代中晚期講學性質的轉變及其意義》，臺北：國立臺灣大學歷史研究所碩士論文，黃俊傑先生、李孝悌先生指導，1998年。
3.徐兆安：《英雄與神仙：十六世紀中國士人的經世功業、文辭習氣與道教經驗》新竹：國立清華大學歷史研究所碩士論文，2008年，王汎森、張永堂先生指導。
4.陳靜芳：《明末曹洞宗博山無異元來禪師研究》，臺北：臺灣大學中國文學系博士論文，2016年，蔡振豐先生指導，頁160-164。
5.游騰達：《湛甘泉哲學思想的發展與完成》，臺北：臺灣師範大學國文研究所博士論文，2012年，楊祖漢先生指導。
6.劉浪：《此道應須自敏求：周汝登的生命歷程和義理世界》，上海：復旦大學中國古代史碩士論文，2001年，鄧志峰先生指導。
7.龔開喻：《越中王學的殿軍：陶望齡、陶奭齡思想研究》，武漢：武漢大學哲學學院博士論文，2020年，文碧方先生指導。
三、外文文獻（含專著、論文與譯本，排列依照地域、次為姓氏筆劃順序）
（一）歐美漢學
1.Chien, Edward T. Chiao Hung and the Restructuring of Neo-Confucianism in Late Ming, New York:Columbia University Press, 1986.
2.Chien, Edward T. Neither Structuralism Nor Lovejoys History of ideas. A Disidentification with Professor Ying-Shih Yu’s Review As a Discourse. Ming Studies No.31 Spring 1991.
3.Eichman,Jennifer. A Late Sixteenth-century Chinese Buddhist Fellowship: Spiritual Ambitions, Intellectual Debates, and Epistolary Connections, Brill Academic Pub, 2016.
4.Nicolas Standaert. An Illustrated Life of Christ Presented to the Chinese Emperor: The History of Jincheng shuxiang (1640) , Sankt Augustin: Institut Monumenta Serica, 2007.
5.Joanna F. Handlin. Action in Late Ming Thought: The Reorientation of Lü K’un and Other Scholar-Officials. Berkeley and Los Angeles: University of California Press, 1983.
6.Lynn A. Struve.The Dreaming Mind and the End of the Ming World Honolulu, University of Hawai'i Press, 2019.
7.Wu Jiang. Enlightenment in Dispute: The Reinvention of Chan Buddhism in Seventeenth- Century China, New York: Oxford University Press, 2008.
8.Werner S. Pluhar, Religion within the Bounds of Bare Reason , Hackett Publishing Company,2009.
9.Yan Liu. Healing with Poisons: Potent Medicines in Medieval China, University of Washington Press,2020.
10.Yu Chun-fang. The Renewal of Buddhism in China: Chu-hung and the Late Ming Synthesis, New York:Columbia University Press, 1981.
11.比・鐘鳴旦（Nicolas Standaert）著，劉賢譯：〈文化相遇的方法論：以十七世紀中歐文化相遇為例〉，吳梓明、吳小新編：《基督教與中國社會文化：第一屆國際年青學者研討會論文集》，香港：香港中文大學崇基學院，2003年，頁31-80。
12.法・桀溺（Jean-Pierre Dieny）著，葉莎譯：〈至人無夢——從莊子到米歇爾・朱維特〉，《跨文化研究》第30期，北京：生活・讀書・新知，2013年2月，頁1-27。
13.美・包筠雅（Cynthia Joanne Brokaw）：《功過格：明清時期的社會變遷與道德秩序》，上海：上海人民出版社，2021年。
14.美・田安（Anna Shields）著，汴東波等譯：《知我者：中唐時期的友誼與文學》，上海：中西書局，2020年。
15.美・司馬黛蘭（Deborah A. Sommer）：〈身體的界線〉，《開放時代》2016年第2期，頁69-95。
16.美・司馬黛蘭（Deborah A. Sommer）：〈Qi and the Body in Early Texts〉，林月惠主編：《中國哲學的當代議題：氣與身體》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2019年，頁。
17.美・艾爾曼（Benjamin A. Elman）：《從理學到樸學：中華帝國晚期思想與社會變化面面觀》，南京：江蘇人民出版社，2018年。
18.美・倪德衛（David S. Nivison）著，萬百安編、周熾成譯：《儒家之道：中國哲學之探討》，南京：江蘇人民出版社，2006年。
19.美・魏家倫（Jaret Wayne Weisfogel）著，施珊珊編，王碩、王坤利譯：《晚明地方社會中的禮法與騷動：管志道《從先維俗議》研究》，浙江：浙江大學出版社 2016年。
20.德・康德（Immanuel Kant）著，李明輝譯：《道德底形上學之基礎》，臺北：聯經出版事業公司，2003年。
21.德・康德（Immanuel Kant）著，李秋零譯：《單純理性限度內的宗教》，北京：商務印書館，2012年。
22.挪威・艾皓德（Halvor Eifring）著，呂春憙譯，〈東亞靜坐傳統的特點〉，楊儒賓等編：《東亞的靜坐傳統》，臺北：臺大出版中心，2012年，頁1-21。
（二）日本漢學
1.日・小林敏明：《主体のゆくえ：日本近代思想史への一視角》，東京：講談社，2010年。
2.日・三浦秀一：《中国心學の稜線——元朝の知識人と儒道仏三教》，東京：研文出版，2003年。
3.日・三浦秀一：〈明善・觀我・野同——明末における桐城方氏の家学學とその繼承——〉，《東洋史研究》第64卷2期，2005年9月，頁65-94。
4.日・三浦秀一：〈王門朱得之の師説理解とその莊子注〉，日・佐藤鍊太郎、鄭吉雄編：《中国古典の解釋と分析》，札幌：北海道大學出版會，2012年，頁79-130。
5.日・三浦秀一：〈晚明思潮研究のための覺書——荒木見悟先生著『陽明学の位相』に寄せて〉，《集刊東洋学》第118期，2018年1月，頁101-120。
6.日・三浦秀一：《科舉と性理学——明代思想史新探》，東京：研文出版，2016年。
7.日・三浦秀一：〈万暦の王学者鄒元標の前半生とその思想〉，《集刊東洋学》第 122期，2020年1月，頁 42-61。
8.日・上田弘毅：〈王龍渓に於ける悟と修——悟と道徳の関係を中心として〉，《東大中哲文学会》第8期，1983年6月，頁101-122。
9.日・土屋太祐：〈北宋臨濟宗楊岐派的公案禪〉，《中國哲學史》2006年第3期，頁67-73。
10.日・中島隆博：《悪の哲学——中国哲学の想像力，東京：筑摩書房，2012年。
11.日・木村慶二：〈鄒東廓思想研究序説〉，《中国哲学論集》第17號，1991年10月，頁62-78。
12.日・木村慶二：〈關於東廓思想形成的一點考察〉，《中国哲学論集》第19號，1993年10月，頁18-35。
13.日・水野弘元著，釋惠敏譯：《佛教教理研究：水野弘元著作選集（二）》，臺北：法鼓文化出版社，2000年。
14.日・山田準編纂：《山田方谷全集》，東京：明德出版社，1996年。
15.日・矢吹邦彦：《炎の阳明学——山田方谷伝》，東京：明德出版社，1996年。
16.日・吉田公平：〈中江藤樹と陽明学—をめぐって—〉，《日本思想史学》第16號，1984年9月，頁14-25。
17.日・吉田公平：《陸象山と王陽明》，東京：研文出版社，1990年。
18.日・西林真紀子：〈古代中國人の悪夢観〉，《大東アジア学論集》第6卷，2006年3月，頁65-80。
19.日・佐藤鍊太郎：〈明清時代における陽明学批判——「無善無悪」説をめぐる論争〉，《日本儒教学会報》第2期，2018年1月，頁1-22。
20.日・岡田武彥：《王陽明與明末儒學》，上海：上海古籍出版社，2000年。
21.日・忽滑谷快天：《中國禪學思想史》，上海：上海古籍出版社，2002年。
22.日・河村孝照：〈中國明代における法華受容の諸相〉，《法華経の受容と展開：法華経研究》，第12號，1993年10月，頁593-637。
23.日・長谷部幽蹊：〈三峰一門の隆替〉，《愛知學院大學論叢一般教育研究》1984年第31期，頁29-69。
24.日・荒木見悟：《中国思想史的諸相》，福岡：中国書店，1989年。
25.日・荒木見悟：《明代思想研究》，東京：創文社，1972年。
26.日・荒木見悟講，楊白衣譯：〈易經與楞嚴經〉，《佛光學報》第3期，1978年8月，頁133-140。
27.日・荒木見悟：《仏教と陽明学》，東京：第三文明社，1979年。
28.日・荒木見悟：《明末宗教思想研究——管東溟の生涯とその思想》，東京：創文社，1979年。
29.日・荒木見悟：《陽明学の開展と仏教》，東京：研文出版社，1984。
30.日・荒木見悟：《雲棲祩宏の研究》，東京：大藏出版株式會社，1985年。
31.日・荒木見悟：《陽明学の位相》，東京：研文出版社，1992年。
32.日・荒木見悟：《明清思想論考》，東京：研文出版社，1992年。
33.日・荒木見悟著，連清吉譯：〈陽明學的心學特質〉，《中國文哲研究通訊》第2卷第4期，1992年12月，頁1-8。
34.日・荒木見悟：《中国心学の鼓動と仏教》，福岡：中国書店，1995年。
35.日・荒木見悟：〈張聖厳氏の批判に答える：『明末中国仏教の研究』の所論について〉，《中国哲学論集》第3卷，福岡：九州大中国哲学研究會，1997年，頁1-14。
36.日・荒木見悟：《憂國烈火禪——禪僧覺浪道盛のたたかい》，東京：研文出版社，2000年。
37.日・荒木見悟：〈陶望齡と性命學〉，《東洋古典學研究》第13期，2002年5月，頁105-130。
38.日・荒木見悟著，廖肇亨譯：《明末清初思想與佛教》，臺北：聯經出版事業公司，2006年。
39.日・荒木見悟著，廖肇亨譯：《佛教與儒教》，臺北：聯經出版事業公司，2017年。
40.日・荒木龍太郎：〈明儒鄒南皋の思想——頓悟漸修論を中心にしてー〉，《荒木教授退休紀念中國哲學史研究論集》，福岡：葦書房，1981，頁545-562。
41.日・酒井忠夫：《增補中囯善書の研究》，《酒井忠夫著作集》，東京：國書刊行會，2000年。
42.日・馬淵昌也：〈明代後期「氣的哲學」之三種類型與陳確的新思想〉，楊儒賓、祝平次編撰：《儒學的氣論與工夫論》，臺北：臺大出版中心，2005年，頁161-202。
43.日・馬淵昌也：〈錢一本、明末における「拡充」「成性」論の展開：錢一本・孫慎行を陳確との関係において論ず〉，《言語・文化・社会》第14號，2016年3月，頁1-28。
44.日・柴田篤：〈良知霊字攷 : 王龍渓を中心にして〉，《陽明学》第12期，2000年3月，頁2-20。
45.日・野口善敬：〈明末に於ける『主人公』——密雲円悟の臨済禅の性格を巡って〉，《哲學年報》第45期，1986年2月，頁149-182。
46.日・野口善敬：〈明末清初における天童寺の住持について密雲円悟の後継をめぐって〉，《禪學研究》第89號，2011年2月，頁17-45。
47.日・野口善敬：〈雪関智闇と「主人公」論争〉，《中国哲学論集》第26卷，2000年10月，頁42-72。
48.日・渡邊賢：〈周汝登と功過格と〉，日・馬淵昌也編：《東アジアの陽明学——接触．流通．変容》，東京：東方書店，2011年，頁381-407。
49.日・溝口雄三：《中國前近代思想的曲折與展開》，北京：生活・讀書・新知三聯書店，2011年。
50.日・橫手裕：〈宋元道教的內丹養生法〉，黎志添編：《道教圖像、考古與儀式：宋代道教的演變與特色》，香港：中文大學出版社，2016年，頁313-350。
51.高偉高：〈中江藤樹の晩年の心学思想：王陽明の「無善無悪」論との比較を中心に〉，《日本思想史研究会会報》，2021年3月，頁93-107。
四、電子資料庫：
1.CBETA中華電子佛典協會：https://www.cbeta.org
2.中國哲學書電子化計劃：https://ctext.org/zh
3.中國基本古籍資料庫：https://www.tbmc.com.tw/zh-tw/product/69
4.中國佛教寺廟志數位典藏：http://buddhistinformatics.dila.edu.tw/fosizhi/
5.正統道藏電子文字資料庫：http://www.ctcwri.idv.tw/CTCW-MTS/CMT000.htm
6.中國歷代人物傳記資料庫：https://is.gd/nxFFrk
7.漢籍全文資料庫：http://hanchi.ihp.sinica.edu.tw/ihp/hanji.htm
8.漢リポ Kanseki Repository：https://www.kanripo.org/