1995年國立歷史博物館（以下簡稱”史博館”）進行的「澎湖將軍一號」調查與研究工作，為臺灣「水下考古」（“underwater or maritime” Archaeology）跨出第一步。12年後的今日，隨著世界各國對「水下文化資產」（underwater cultural heritage）保存與維護的重視，以及我國政府對於「海洋政策」的推動，國立文化資產保存研究中心籌備處（以下簡稱「文資中心」）從民國95年開始，著手規劃與推動一系列與水下文化資產相關的中長期性計畫，內容涵蓋出水文物（遺址、沉船）的保存、維護與再利用、法令的研擬、以及水下考古人才培訓等不同的層面，希望再次開啟臺灣的水下考古工作。 本文的目的是要以史博館從事澎湖將軍一號的發掘資料與經驗為基礎，以並論及當前政府政策與學術環境，據此來討論在臺灣進行水下考古研究工作的可能性，以及所應採行的策略與方法。