國立故宮博物院圖書文獻處珍藏了一本明嘉靖四十年（1561）的黃綾定本《玉皇經》，此善本可說是目前道教《玉皇經》研究中的重要版本，因為它保存了南宋以來的轉經儀式完整經本，與豐富而有用的序跋資料。其在道教經典史的價值，主要可歸納如下：一是根據附錄的南宋程公許兩篇〈玉皇經跋〉，不僅可以考察當時四川蜀本的形式，瞭解其流變的軌跡；更可追溯最初《玉皇經》出世的背景與因緣。二是元人黃日新的〈序〉與〈校勘記〉，不僅詳述《玉皇經》重要版本的來源與演變；並利用當時《道藏》相關資料校正，逐一指陳他所見湖南地區《玉皇經》版本的內容與訛誤。三是經由黃綾本所保留的誦念《玉皇經》文前的「啟闕」（請神）文字，比對《正統道藏》本《文昌大洞仙經》（CT5）卷一、卷二，可證實二者出自同一系統；可推論《玉皇經》出世的地點應在四川蓬溪縣，且由劉安勝道壇後輩的乩手扶鸞書出。四是卷末所附的四十四則誦經感應故事，承擔了承先啟後的關鍵角色：上可考察其故事的來源與變化的情形，探索其中內含的意義，下可追索之後版本中保存的痕跡，以明瞭相關版本的關係。