太平天國運動興起以后,清政府因歲入銳減、支出劇增而遭遇嚴重的財政危機。作為全國財政運作重要組成部分的戶部銀庫,由此陷入庫儲殆盡、入不敷出的絕境。面對危局,清廷不得不應急變通,一面暫棄京餉按冊酌撥的舊制,改為年前一體定額預撥以期保證實銀收入;一面下放軍餉籌撥權限借以息肩。此外,裁減俸餉、鑄造大錢、頒發票鈔、舉辦捐銅等補苴權宜之計漸次施行,勉力維持收支平衡。咸豐后期,戶部銀庫實銀收支均呈回升之勢,票鈔大錢所占比例逐漸下降。隨著內外環境的巨大變化,清政府財政逐漸脫逸舊軌,戶部銀庫的實銀收支內容與數量發生了一定程度的變化,其在全國財政運作與經費調度中的重要性也大為下降。