廖文毅是"臺灣獨立運動"的倡始者。他認為"臺灣入"是原住民、西班牙人、葡萄牙人、荷蘭人、日本人的"混血",是介于西方人與東方人之間的"獨立的種族",主張"集中遣返"抗戰勝利后抵達臺灣的"中國人"。曾先后組織"臺灣再解放聯盟"和"臺灣民主獨立黨"。1956年在日本東京成立"臺灣共和國臨時政府",任"大統領"。蔣介石、蔣經國堅決反對"臺灣獨立運動"。在島內,逮捕其招兵買馬、密謀騷亂的成員;在島外,積極向日、美政府交涉,封堵其國際活動;主要精力則集中于分化、策反、招撫其在日本的組織和成員。1965年,廖文毅和臺灣當局達成協議,放棄"臺獨"活動,回到臺灣。1965年出任曾文水庫興建委員會副主任,做了一件有益于臺灣人民的好事。其間,曾檢舉繼續從事"臺獨"活動的人員,表明確有悔改之意。