檔案資料
《軍機處檔.月摺包》，台北，國立故宮博物院藏。
《清宮諭旨檔台灣史料》，台北，國立故宮博物院，1996年。
國立故宮博物院編，《宮中檔康熙朝奏摺》，台北，國立故宮博物院，1976年。
中國第一歷史檔案館整理，《康熙起居注》，北京，中華書局，1984年。
中國第一歷史檔案館譯編，《康熙朝滿文硃批奏摺全譯》，北京，中國社會科學出版社，1996年。
國立故宮博物院編，《宮中檔雍正朝奏摺》，台北，國立故宮博物院，1979年。
國立故宮博物院編，《宮中檔雍正朝奏摺˙滿文諭摺》，台北，國立故宮博物院，1980年。
中國第一歷史檔案館編，《雍正朝漢文硃批奏摺彙編》，上海，江蘇古籍出版社，1991年。
中國第一歷史檔案館編，《雍正朝起居注冊》，北京，中華書局，1993年。
中國第一歷史檔案館編，《雍正朝滿文硃批奏摺全譯》，合肥，黃山書社，1998年。
國立故宮博物院編，《宮中檔乾隆朝奏摺》，台北，國立故宮博物院，1983年。
中國第一歷史檔案館，《乾隆朝上諭檔》，北京，檔案出版社，1998年，第2版第2次印刷。
國立故宮博物院編，《宮中檔嘉慶朝奏摺》，台北，國立故宮博物藏。
中央研究院歷史語言研究所編，《明清史料》，台北，維新書局，1972年，再版。
國學文獻館編，《台灣研究資料彙編》，台北，聯經出版事業公司，1993年。
廈門大學台灣研究所、中國第一歷史檔案館編，《康熙統一台灣檔案史料選輯》，福州，福建人民出版社，1983年。
官書典籍
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《皇朝通典》，台北，新興書局，1954年。
《清朝文獻通考》，杭州，浙江古籍出版社，1988年。
《清實錄˙世祖章皇帝實錄》，北京，中華書局，1985年。
《清實錄˙聖祖仁皇帝實錄》，北京，中華書局，1985年。
《清實錄˙世宗憲皇帝實錄》，北京，中華書局，1985年。
《清實錄˙高宗睿皇帝實錄》，北京，中華書局，1985年。
《欽定大清律例》，景印文淵閣《四庫全書》，台北，台灣商務印書館，1986年。
伊桑阿，《欽定大清會典》（康熙朝），台北，文海出版社，1994年。
尹泰，《欽定大清會典》（雍正朝），台北，文海出版社，1994年。
崑岡，《欽定大清會典事例》（雍正朝），台北，文海出版社，1994年。
允裪，《欽定大清會典》（乾隆朝），景印文淵閣《四庫全書》，台北，台灣商務印書館，1986年。
《欽定大清會典則例》（乾隆朝），景印文淵閣《四庫全書》，台北，台灣商務印書館，1986年。
托津，《欽定大清會典》（嘉慶朝），台北，文海出版社，1994年。
托津，《欽定大清會典事例》（嘉慶朝），台北，文海出版社，1994年。
崑岡，《欽定大清會典》（光緒朝），台北，中華書局，1991年。
崑岡，《欽定大清會典事例》（光緒朝），台北，啟文出版社，1963年。
《欽定中樞政考》，台北，廣文書局，1972年。
《欽定吏部則例》，台北，成文出版社，1966年。
《欽定重修六部處分則例》，台北，文海出版社，1969年。
清世宗釋，《聖諭廣訓》，景印文淵閣《四庫全書》，台北，台灣商務印書館，1986年。
鄂爾泰，《欽定八旗通志》，台北，廣文書局，1971年。
鄂爾泰等修，李洵等點校，《八旗通志˙初集》，長春，東北師範大學出版社，1989年。
趙爾巽等，《清史稿》，北京，中華書局，1986年。
方志
不著撰人，《安平縣雜記》，文叢本第五二種。
王瑛曾，《重修鳳山縣志》，台灣叢書第一輯，台灣方志彙編，第五冊，台北，國防研究院、中華學術院，1968年。
余文儀，《續修台灣府志》，文叢本第一二一種。
周元文《重修台灣府志》，文叢本第六六種。
周凱，《廈門志》，文叢本第九五種。
周鍾瑄，《諸羅縣志》，台灣叢書第一輯，台灣方志彙編，第二冊，台北，國防研究院、中華學術院，1968年。
周璽，《彰化縣志》，台灣叢書第一輯，台灣方志彙編，第六冊，台北，國防研究院、中華學術院，1968年。
林豪等，《廈門志》，文叢本第九五種。
胡建偉，《澎湖紀略》，文叢本第一○九種。
范咸、六十七，《重修台灣府志》，收於《台灣府志三種》，北京，中華書局，1985年。
郝玉麟，《福建通志》（乾隆二年），景印文淵閣《四庫全書》，台北，台灣商務印書館，1986年。
高拱乾，《台灣府志》，收於《台灣府志三種》，北京，中華書局，1985年。
陳文達，《台灣縣志》，台灣叢書第一輯，台灣方志彙編，第二冊，台北，國防研究院、中華學術院，1968年。
陳文達，《鳳山縣志》，台灣叢書第一輯，台灣方志彙編，第二冊，台北，國防研究院、中華學術院，1968年。
陳衍，《台灣通紀》，文叢本第一二○種。
陳培桂，《淡水聽志》，文叢本第一七二種。
陳壽祺，《福建通志》，台北，華文書局，1968年。
陳壽祺，《福建通志台灣府》文叢本第八四種。
劉良璧《重修福建台灣府志》，文叢本第七四種。
蔣毓英，《台灣府志》，收於《台灣府志三種》，北京，中華書局，1985年。
蔣鏞，《澎湖續編》，文叢本第一一五種。
薛紹志，《台灣通志》，文叢本第一一○種。
謝金鑾，《續修台灣縣志》，台灣叢書第一輯，台灣方志彙編，第八冊，台北，國防研究院、中華學術院，1968年。
地圖
《康熙台灣輿圖》，1704年以前，台灣博物館藏，收於王國璠，《台灣三百年》，台北，戶外生活圖書公司，1986年
《台灣地圖》，1756-59年，國立故宮博物院藏。
《乾隆台灣郵傳圖》，1790-99年，台灣省文獻委員會照相本。
《台灣堡圖》，1904年，台灣總督府臨時台灣土地調查局製，台北，遠流出版公司，1996年。
專書著作
丁曰健，《治台必告錄》，文叢本第一七種。
丁宗洛編纂，《陳清端公年譜》，文叢本第二○七種。
不著撰人，《台灣教育碑記》，文叢本第五四種。
不著撰人，《台灣輿地彙鈔》，文叢本第二一六種，。
不著撰人，《台灣關係文獻集零》，文叢本第三○九種。
不著撰人，《使署閒情》，文叢本第一二二種，卷三，
不著撰人，《清代台灣大租調查書》，文叢本第一五二種，
不著撰人，《清奏疏選彙》，文叢本第二五六種。
不著撰人，《清經世文編選錄》，文叢本第二二九種
不著撰人，《欽定平定台灣紀略》，文叢本第一○二種。
不著撰人，《道光咸同四朝奏議選輯》，文叢本第二八八種。
不著撰人，《福建省例》，文叢本第一九九種
朱景英，《海東札記》，文叢本第一九種。
江日昇，《台灣外紀》，文叢本第六○種。
李光地著，陳祖武點校，《榕村續語錄》，北京，中華書局，1995年
阮旻錫，《海上見聞祿》，文叢本第二四種。
姚　瑩，《東溟奏稿》，文叢本第四九種。
施　琅，《靖海紀事》，文叢本第一三種。
郁永河，《裨海紀遊》，文叢本第四四種。
夏　琳，《閩海紀要》，文叢本第一一種。
徐　珂，《清稗類鈔》，台北，商務印書館，1966年。
連　橫，《台灣通史》，文叢本第一二八種。
陳　璸，《陳清端公文選》，文叢本第一一六種。
黃叔璥，《台海使槎錄》，文叢本第四種。
鄧傳安，《蠡測彙鈔》，文叢本第九種。
藍鼎元，《東征集》，文叢本第一二種。
藍鼎元《平台紀略》，文叢本第一四種。
中國人民大學清史研究所編，《清史編年》，北京，中國人民大學出版社，1985年。
王世慶，《淡水河流域河港水運史》，台北，中研院中山人文社科所，1996年。
王戎生主編，《清代全史》，瀋陽，遼寧人民出版社，1991年。
尹章義，《台灣開發史研究》，台北，聯經出版事業公司，1989年。
包樂史（Leonard Blusśe），莊國土、程紹剛譯，《中荷交往史（1601-1999）》，荷蘭，路口店出版社，1989年第一版，北京1999年修訂版。
台灣省文獻委員會，《台灣地理及歷史》，卷九〈官師志〉第一、二冊，文職表、武職表，台中，台灣省文獻委員會，1980年。
江慶林等譯，《台灣文化志》，中卷，台中，台灣省文獻委員會，1991年
吳正龍，《鄭成功與清政府間的談判》，台北，文津出版社，2000年。
李國祁，《中國現代化區域研究─閩浙台地區，1860─1916》，台北，中央研究院近代史研究所，1982年。
李國祁、周天生、許弘義，《清代基層地方官人事嬗遞現象之量化分析》，台北，行政院國家科學委員會，1975年。
周崑田，《邊疆政策概述》，台北，蒙藏委員會，1971年。
周雪玉，《施琅攻台的功與過》，台北，台原出版社，1990年。
周詢，《蜀海叢談》，近代中國史料叢刊第一輯，台北，文海出版社，1966年。
周蔭恩，《台灣郡縣建置志》，上海，正中書局，1945年。
孟昭信，《康熙評傳》，南京，南京大學出版社，1998年。
孟昭信，《康熙傳》，長春，吉林人民出版社，1993年。
孟昭信，《清帝列傳˙康熙帝》，長春，文史出版社，1993年。
林恩顯，《邊政通論》，台北，華泰書局，1989年。
林滿紅，《茶、糖、樟腦業與台灣社會經濟變遷（1860-1895）》，台北，聯經出版事業公司，1997年。
施偉青，《施琅評傳》，廈門，廈門大學出版社，1987年
施添福，《清代在台漢人的祖籍分佈和原鄉生活方式》（地理叢書第15號），台北，國立台灣師範大學地理學系，1987年。
孫文良、張杰、鄭川水，《清帝列傳˙乾隆帝》，長春，吉林文史出版社，1993年。
馬汝珩、馬大正，《清代邊疆開發研究》，北京，中國社會科學出版社，1990年。
高祥，《康雍乾三帝統治思想研究》，北京，中國人民大學出版社，1995年。
張世賢，《晚清治台政策》，台北，東吳大學中國學術著作獎助委員會，1978年。
張勝彥，《南投開拓史》，南投，南投縣政府，1971年。
張勝彥，《清代台灣廳縣制度之研究》，台北，華世出版社，1993年。
張菼，《清代台灣民變研究》，台灣研究叢刊第一○四種，台北，臺灣銀行經濟研究室，1970年。
曹永和，《台灣早期歷史研究》，台北，聯經出版事業公司，1979年。
曹永和，《台灣早期歷史研究續集》，台北，聯經出版事業公司，2000年。
莊吉發，《故宮檔案述要》，台北，國立故宮博物院，1983年。
莊吉發，《清高宗十全武功研究》，台北，國立故宮博物院，1982年。
莊吉發《清代台灣會黨史研究》，台北，南天書局，1999年。
許雪姬，《清代台灣的綠營》，台北，中央研究院近代史研究所，1987年。
郭成康等，《乾隆皇帝全傳》，北京，學苑出版社，1994年。
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郭松義、李新達、揚珍，《中國政治制度通史˙清代》，北京，人民出版社，1996年。
陳三井總纂，《鄭成功全傳》，台北，台灣史蹟研究中心，1979年。
陳孔立，《清代台灣移民社會研究》，廈門，廈門大學出版社，1990年。
陳在正，《台灣海疆史研究》，廈門，廈門大學出版社，2001年。
馮爾康，《雍正傳》，北京，人民出版社，1985年。
黃秀政，《台灣割讓與乙未抗日運動》，台北，商務印書館，1992年。
楊彥杰，《荷據時代台灣史》，南昌，江西人民出版社，1992年
楊熙，《清代台灣：政策與社會變遷》，台北，天工書局，1983年。
聞鈞天，《中國保甲制度》，上海，商務印書局，1935年。
劉妮玲，《清代台灣民變研究》，師範大學歷史研究所專刊（9），台北，台灣師範大學歷史研究所，1983年。
鄭成功學術討論會學術組編，《台灣鄭成功研究論文選》，福州，福建人民出版社，1982年。
鄭成功學術討論會學術組編，《鄭成功研究論文選續集》，福州，福建人民出版社，1984年。
蕭一山，《清代通史》，台北，台灣商務印書館，1962年。
戴天昭原著、李明俊譯，《台灣國際政治史》，台北，前衛出版社，1996年。
戴炎輝，《清代台灣之鄉治》，台北，聯經出版事業公司，1979年。
戴逸，《乾隆帝及其時代》，北京，中國人民大學出版社，1992年。
織田萬，《清國行政法汎論》，台北，華世出版社，1979年。
羅爾剛，《綠營兵制》，北京，中華書局，1984年。
邊疆論文集編纂委員會，《邊疆論文集》，台北，國防研究院，1964年。
期刊論文
尹章義，〈新莊巡檢之設置及其職權與功能─清代分守巡檢之一個案研究〉，收於氏著，《台灣開發史研究》，台北，聯經，1989年。
孔立，〈康熙二十二年：台灣的歷史地位〉，《清代台灣史研究》，廈門，廈門大學出版社，1986年。
王慧芬，〈清代台灣的番界政策〉，台灣大學歷史研究所碩士論文，2000年。
石萬壽，〈明政的軍事行政組織〉，《台灣文獻》26：4、27：1，1976年3月。
江樹生，〈清領以前台灣之中國移民〉，文化大學史學研究所碩士論文，1965年；又以〈清領以前台灣之漢族移民〉一名，刊於《史學會刊》3期，1970年8月。
何孟興，〈清初巡台御史制度之研究〉，東海大學歷史研究所碩士論文，1989年
何瑜，〈清代台灣與海南島經濟開發之異同〉，馬汝珩，馬大正，《清代邊疆開發史研究》，北京，中國社會科學出版社，1990年。
李汝和，〈清代駐台班兵戍防考〉，《台灣文獻》21：3，1970年3月。
李祖基，〈清代巡台御史制度研究〉，收於廈門大學台灣研究所台灣研究室編，《海峽兩岸首次台灣史學術交流論文集》，廈門大學出版社，1990年。
李國祁，〈明清兩代地方行政制度中道的功能及其演變〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第3期，1972年。
李國榮，〈論雍正時期清中央政府對台灣統治的鞏固〉，《史學月刊》1993年第四期。
卓宏祺，〈清代台灣理番政策之研究〉，政大邊政所碩士論文，1988年。
施志汶著，〈台灣史研究的史料運用問題：以清代渡臺禁令為例〉，國立台灣師範大學歷史系、台灣省文獻委員會，《台灣社會文化變遷研討會論文集》，台北，國立台灣師範大學歷史系、台灣省文獻委員會，2000年9月。
施添福，〈清代台灣市街的分化與成長：行政、軍事和規模的相關分析〉，《台灣風物》39：2，1989年6月
施添福，〈清代台灣竹塹地區的土牛溝和區域發展〉，張炎憲、李筱峰；戴寶村，《台灣史論文精選》（上），台北，玉山社，1996年9月。
柯志明，〈理性的國家與歷史的機遇─清代台灣的熟番地權與族群政治〉，《台灣史研究》6：2，1999年12月
唐立，〈試論清代台灣生番之歸化與漢族拓墾：以乾隆至道光年間為中心〉，張炎憲主編，《中國海洋發展史論文集》第六輯，台北，中央研究院中山人文社會科學研究所，1997年3月。
浦廉一著、賴永祥譯，〈清初遷界令考〉，《台灣文獻》6：4，1955年12月。
張世賢，〈清代台灣道鎮關係（康熙二十二年至同治十三年）〉，《台灣風物》26：5，1976年9月。
張世賢，〈清代治台政策的發展〉，黃富三、曹永和，《台灣史論叢》，台北，眾文圖書公司，1980年。
張明雄，〈康熙年間清廷治台政策及其檢討〉，《台北文獻》直字第74期，1985年12月。
張炎憲，〈台灣史研究的新精神〉，《台灣史料研究》創刊號，1994年。
張炎憲，〈台灣史研究與台灣主體性〉，張炎憲、陳美容、黎中光，《台灣近百年史論文集》，吳三連台灣史料基金會，1996年8月。
張炎憲，〈清代治台政策之研究〉，台灣大學歷史研究所碩士論文，1974年。
張勝彥，〈台灣建省之研究〉，台灣大學歷史研究所碩士論文，1971年
張勝彥，〈清代台灣之廳制─以淡水廳為例〉，《台灣史研究》5：1，1999年11月。
張勝彥，〈清代台灣知縣制度之研究〉，《台灣文獻》44：3，1993年9月。
張勝彥，〈清代台灣廳縣之建制與調整〉，《史聯雜誌》22期，1993年6月。
張舜華，〈台灣官制中「道」的研究〉，台灣大學歷史研究所碩士論文，1979年。
張隆志，〈追尋失落的福爾摩沙---台灣平埔族群史研究的反思〉，《台灣史研究一百年：回顧與研究》，台北，中央研究院台灣史研究所籌備處，1998年。
張菼，〈清代初期治台政策的檢討〉，《台灣文獻》21：1，1970年3月
曹永和，〈台灣史研究的另一個途徑─台灣島島史概念〉，收於氏著，《台灣早期歷史研究續集》，台北，聯經出版事業公司，2000年10月。
曹永和，〈環中國海域交流史上的台灣和日本〉，收於氏著，《台灣早期歷史研究續集》，台北，聯經出版事業公司，2000年10月。
莊吉發，〈清世宗禁止偷渡台灣的原因〉，《食貨月刊》13：7/8，1983年11月。
莊吉發，〈清代台灣秘密會黨的發展與社會控制〉，《人文及社會學集刊》5：1，1992年11月。
莊吉發，〈清初人口流動與乾隆年間（1736--1795）禁止偷渡台灣政策的檢討〉，《淡江史學》1期，1989年6月。
莊吉發，〈清初閩粵人口壓迫與偷渡台灣〉，《大陸雜誌》60：1，1980年1月。
莊金德，〈巡台御史的設立與廢止〉，《台灣文獻》16：1，1965年5月。
莊金德，〈清初嚴禁沿海人民偷渡來台始末〉（上）（下），《台灣文獻》15：3、4，1964年9月、12月。
莊金德，〈清鄭和議始末〉，《台灣文獻》12：4，1961年12月。
莊金德〈藍鼎元的治台讜論〉，《台灣文獻》17：2，1966年6月。
許雪姬，〈由道鎮勢力的消長看清代台灣文武官員的關係〉，《高雄文獻》11期，1982年6月。
許雪姬，〈清代台灣總兵的特質〉，《歷史學報》（政大）1，1983年3月。
許毓良，〈清代台灣的海防〉，政治大學歷史研究所碩士論文，1999年5月。
許瑞浩，〈清出限制渡台政策下的閩南人民移民活動〉，台灣大學歷史研究所碩士論文，1989年。
許達然，〈械鬥和清朝台灣社會〉，《台灣社會研究》第23期，1996年7月。
許達然，〈清朝台灣民變探討〉，收於台灣歷史學會，《史學與國民意識論文集》，台北，稻鄉出版社，1999年。
陳孔立，〈清代台灣社會動亂原因與性質的分析〉，《台灣研究集刊》，1996年第4期。
陳玉貞，〈清代台灣吏治研究─以刑名、錢糧職責為例〉，成功大學歷史語言研究所碩士論文，1989年。
陳在正，〈一六五四制一六六一年清鄭之間的和戰關係及其得失─兼與台灣歷史學者商榷〉，收於鄭成功研究學術討論會學術組，《鄭成功研究論文集》，福州，福建人民出版社，1984年。
陳秋坤，〈十八世紀上半葉台灣地區的開發〉，台灣大學歷史研究所碩士論文，1974年。
陳秋坤，〈清代前期對台少數民族政策與台灣土著的傳統土地權力（1690-1766）〉，中央研究院近代史研究所編，《近代中國初期歷史研討會論文集》，南港，中央研究院近代史研究所，1989年。
陳純瑩，〈明鄭對台灣的經營（1661--1683）〉，台灣師範大學歷史研究所碩士論文，1986年。
陳祺助，〈清代台灣縣丞與巡檢設置研究〉，《高市文獻》8：1，1995年9月。
湯熙勇，〈清代台灣文官的任用方法及其相關問題（1684--1887）〉，《中央研究院三民主義研究所專題選刊》（80），1988年3月。
湯熙勇，〈論清康熙時期的納台爭議與台灣的開發政策〉，《台北文獻》直字114期，1995年12月。
程士毅，〈北路理番分府的成立與岸裡社的衰微（1766-1783）〉，清大史研所碩士論文，1994年。
馮秉正著，胡明遠譯，〈台灣訪問記〉，收於《台灣經濟史五集》，研叢四四，1957年。
黃秀政，〈清代治台政策的再檢討：以渡台禁令為例〉，收於氏著，《台灣史研究》，台北，學生書局，1992年。
黃秀政，〈論藍鼎元的積極治台政策〉，《台灣文獻》28：2，1997年6月。另收於氏著，《台灣史研究》，台北，學生書局，1992年。
黃偉智，〈清代台灣的綠營佈署〉，收於若林正丈、吳密察編，《台灣近代重層近代化論文集》，台北，播種者文化有限公司，2000年。
黃煥堯，〈清季台灣番患成因之探討〉，《台北文獻》直字77，1986年6月。
黃煥堯，〈清季台灣番患事件之本質探討〉，《台北文獻》直字79，1987年3月。
黃煥堯，〈清領時期台灣的番患防治〉，《高雄文獻》32.33，1988年1月。
詹素娟，〈清代台灣平埔族與漢人關係之研究〉，台灣師範大學歷史研究所碩士論文，1986年。
劉錚雲，〈「衝、繁、疲、難」：清代道、府、廳、州、縣等級初探〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》，第64本，第1分，1993年3月。
蔡秀娟，〈清代閩粵台偷渡人口問題之研究〉，國立台灣師範大學歷史研究所碩士論文，1998年。
蔡相煇，〈明末清初台海政局之演變與台灣社會之變遷〉，《台灣文獻》36：3、4，1985年12月。
鄭瑞明，〈台灣明鄭與東南亞之貿易關係初探─發展東南亞貿易之動機、實務及外商之前來〉，《歷史學報》：師大14期，1986年6月。
鄧孔昭，〈清代前期關於台灣開發的一些不同主張〉，《台灣研究集刊》1998年第一期。
鄧孔昭，〈清政府禁止沿海人民偷渡台灣和禁止赴台者攜眷的政策及其對台灣人口的影響〉，收於陳孔立主編，《台灣研究十年》，廈門，廈門大學出版社，1990年。
鄧孔昭，〈論清政府與台灣鄭氏集團的談判和援朝鮮例問題〉，《台灣研究集刊》，1997年第一期。
戴炎輝，〈清代台灣鄉莊之社會的考察〉，《台灣銀行季刊》14：4，1963年，收於氏著，《清代台灣之鄉治》，台北，聯經出版事業公司，1979年。
謝國禎，〈清初東南沿海遷界考〉，收於氏著《明清之際黨社運動考》，北京，中華書局。
簡炯仁，〈清治初期清廷治台政策的卻立即台灣民變的社會性格〉，《高雄文獻》13，1993年11月。
蘇梅芳，〈清初遷界事件之研究〉，《歷史學報》（成大）5期，1981年。
外文論著
Jonathan D. Spence and John E. Will, Jr. Form Ming to Ch’ing : Conquest, Region and Continuity in Seventeeth-Century China. New Haven and London: Yale University Press, 1979.
John Robert Shepherd, Statecraft and Political Economy on the Taiwan Frontier 1600-1800.California,Stanford University Press,1993.
Kessler,Lawrence D., K’ang-hsi and the Consolidation of Ch’ing Rule,1661-1684.台北，敦煌，1977年。
伊能嘉矩，《台灣文化志》，中卷，東京，刀江書院，1928年。
伊能嘉矩著，《台灣番政志》，台灣總督府民政部殖產局，明治37年，台北，古亭書屋複刻，1973年。