清代民間秘密宗教盛行於底層社會，教內師父經常以治病為傳教手段，藉此吸引平民百姓拜師入教。教派內運用的醫療方法頗多，諸如針灸按摩之類的中醫術，以及茶葉治病、誦念經卷、畫符念咒、燒香祈禱、坐功運氣等療法。大體而言，秘密宗教師父為人治病過程較為簡易，但仍時見療效，因患者透過宗教儀式，可獲得身心平衡，有益病情改善。總之，秘密宗教的醫療活動可為平民百姓提供一條求醫稱便、療程簡易、費用省簡、尚具療效的治病途徑，促使其願意嘗試求醫、進而拜師習教，對教派擴展頗具影響。然而，清廷為了維護善良風俗與鞏固政權的目的，對秘密宗教採取禁止、打壓措施。在官方眼中，秘密宗教的醫療活動即是蠱惑人心的不法邪術，大肆批評並強力取締，以嚴法懲辦。官方查辦教案、審擬教內人士罪刑時，較少從他們的醫療過失情形量刑，而主要就其傳教活動部份，依《大清律例》擬罪，其刑責有日漸嚴厲趨勢。官方針對治病師父的擬罪原則，係視其教內主從身份與教派性質而論，罪重者處以絞刑或是凌遲處死，罪輕者則受到發邊地為奴、充軍或杖責處分。至於官方對患者的擬罪則相對較為寬容，多以至邊地充當奴隸或軍人，或是杖責為主。由於官方嚴加查辦教案，並以重刑定罪，對教派發展產生相當抑制作用。