本文基於刑事訴訟作為應用憲法之觀點，從基本權體系出發而分析身體檢查處分之基本問題。 首先，本文論證身體檢查處分是刑事訴訟上獨立型態的基本權干預／強制處分，其獨立性一來是相對於證據調查程序而言，二來是相對於包括搜索在的其它處分而言。並且，猶如其他基本權干預，合法／合憲的身體檢查處分，必須通過基本權之保護領域、基本權之干預及正當化事由的檢驗層次，本文研究重點尤其在於：作為一般基本權干預正當化事由法律保留原則及比例原則，在身體檢查處分有何特殊問題及如何具體適用（本文貳）。 其次，本文認為身體檢查與搜索處分干預的基本權有別，目的與性質也各不相同，因此，兩者發動要件與執行方式應求諸於不同的授權規定。就結論言，對人之搜索在於找尋藏匿在人的身體表面、隨身衣物（含著身衣物之裡裡外外）或包含口腔、耳穴在內身體自然閉口的物件；反之，身體檢查處分，則是以身體本身之物理性質、狀態以及已經進入皮膚背或肌肉包覆範圍之體內證物來作為證據目的之處分（本文參）。 再者，法律保留原則運用到刑事訴訟上之基本權干預，可以導出授權基礎禁止推適用的結果。針對此原則在身體檢查處分之運用，主要爭點集中在授權範圍之界定，這一方面是因為身體檢查處分不同於拘捕、羈押等，單從名目本身難以預測具體可能進行的干預內容，欠缺明確性；另一方面是因為為了實施身體檢查處分，往往必須進行諸多的附帶干預。就結論言，諸如壓制、同行等暫時性人身自由拘束，原則上屬附帶於身體檢查處分之授權；而進入有人之處所或探知隱私領域的DNA資訊檢測等，則應另外取得授權基礎（本文肆）。 比例原則雖是所有基本權干預的共同要求，但鑒於個案差異過大的不可預測性，其對身體檢查處分有特殊之控制功能。在個案中權衡所欲進行之身體干預的嚴重性及犯罪重大程度、犯罪嫌疑程度及干預手段對追訴之重要性，固然是司法者的重要任務；但在立法層次便將比例原則轉換為具體的類型化基準，是更為有效的基本權保護手段，值得推薦的類型化包括被告／第三人（受干預人基準）、單純之檢查／侵犯性檢查（干預程度基準）及預防性／追訴性（追求目的基準）等。至於基本權核心理論，雖然用意良苦，但實際上所能發揮的限制功能，證諸身體檢查處分之實例，恐怕極其有限。此外，課予被告積極配合義務之吐氣測試等檢查措施，因其本質上違反不自證己罪原則，不應在容許之列（本文伍）。 回頭省視我國新法，雖然明示列舉諸多得為干預之內容，但其立法授權方式卻欠缺限定國家權力之功能，尤其是其授權基礎並未有效地將比例原則的觀點結合，並未明確地以受干預人、干預程度或追求目的等立法指標將授權層級化、類型化，因而導致授權基礎實際上空洞化的缺陷。針對此點，未來司法寶務必須嚴格把關，才能免於過度干預（本文陸）。