（一）古籍
孔安國（傳）、孔穎達（疏）
　　《尚書正義》（《十三經注疏》本，台北：藝文印書館，1989）
方中通
　　《數度衍》（《四庫全書》本，台北：台灣商務印書館，1986）
方中履
　　《古今釋疑》（舊題黃宗羲《授書隨筆》，台北：台灣學生書局，1971）
方中德
　　《古事比》（台北：德志出版社，1963）
方孔炤（著）、方以智（編）
　　《周易時論合編》（台北：文鏡文化公司，1983）
　　《周易時論合編圖象幾表》（台北：文鏡文化公司，1983）
方以智
　　《物理小識》（台北：台灣商務印書館，1978）
　　《浮山文集前編》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
　　《浮山文集後編》（《四庫禁毀書叢刊》本）
　　《浮山此藏軒別集》（《四庫禁毀書叢刊》本）
　　《通雅》（《方以智全書》本，上海：古籍出版社，1988）
　　《象環寤記》（李學勤校點本《東西均》附，上海：中華書局，1962）
　　《禪樂府》（方叔文、方鴻壽校刊本，1935）
　　《藥地炮莊》（台北：廣文書局，1975）
方以智（述），方中通、興斧（合編）
　　《青原愚者智禪師語錄》（《中華大藏經》本，台北：修定中華大藏經會，1968）
方以智（著）、李學勤（校點）
　　《東西均》（上海：中華書局，1962）
方以智（著）、龐樸（注釋）
　　《東西均注釋》（北京：中華書局，2001）
方以智、倪嘉慶（等編）
　　《青原志略》（《中國佛寺史志彙刊》本，台北：丹青圖書公司，1985）
方以智、倪嘉慶（等編），段曉華、宋三平（校注）
　　《青原志略》（南昌：江西人民出版社，1998）
毛亨（傳）、鄭玄（箋）、孔穎達（疏）
　　《詩經正義》（《十三經注疏》本，台北：藝文印書館，1989）
王士禎（著）、惠棟（訓纂）
　　《漁洋山人精華錄訓纂》（台北：台灣中華書局，1971）
王士禎（著）、盧見曾（補傳）
　　《漁洋山人感舊集》（《清代傳記叢刊》本，台北：明文書局，1986）
王夫之
　　《永曆實錄》（《船山遺書全集》本，台北：中國船山學會、自由出版社，1972）
　　《周易內傳》（《船山遺書全集》本）
　　《南窗漫記》（《船山遺書全集》本）
　　《莊子解》（《船山遺書全集》本）
　　《愚鼓詞》（《船山遺書全集》本）
　　《搔首問》（《船山遺書全集》本）
　　《薑齋六十自定稿》（《船山遺書全集》本）
　　《薑齋詩分體稿》（《船山遺書全集》本）
王先謙（集解）、劉武（補正）
　　《莊子集解》暨《莊子集解內篇補正》（台北：文津出版社，1988）
王守仁
　　《王陽明全集》（台北：河洛圖書出版社，1978）
　　《傳習錄》（台北：金楓出版公司，1987）
王安石
　　《王安石全集》（台北：河洛圖書出版社，1974）
王弼、韓康伯（注），孔穎達（疏）
　　《周易正義》（《十三經注疏》本，台北：藝文印書館，1989）
司馬遷（著）、瀧川龜太郎（考證）
　　《史記會注考證》（台北：宏業書局，1987）
石濂大汕
　　《離六堂集》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
任繼愈
　　《老子今譯》（《老子釋譯》本，台北：里仁書局，1985）
全祖望
　　《鮚埼亭集》（台北：華世出版社，1977）
安徽通志館
　　《安徽通志稿》（台北：成文出版社，1985）
朱熹（述）、黎德靖（編）
　　《朱子語類》（台北：正中書局，1973）
朱熹（集註）、蔣伯潛（廣解）
　　《中庸新解》（《四書讀本》本，台北：啟明書局，1952）
　　《孟子新解》（《四書讀本》本，台北：啟明書局，1952）
　　《論語新解》（《四書讀本》本，台北：啟明書局，1952）
朱彞尊
　　《靜志居詩話》（《明代傳記叢刊》本，台北：明文書局，1991）
何志基（等撰）
　　《安徽通志》（台北：台灣華文書局，1967）
杜預（注）、孔穎達（疏）
　　《春秋左傳正義》（《十三經注疏》本，台北：藝文印書館，1989）
劭子彞（等修）、魯琪光（等纂）
　　《建昌府志》（台北：成文出版社，1989）
周亮工
　　《讀畫錄》（《清代傳記叢刊》本，台北：明文書局，1986）
定祥（修）、劉繹（纂）
　　《吉安府志》（台北：成文出版社，1975）
居頂
　　《續傳燈錄》（《佛教大藏經》本，台北：佛教出版社，1978）
邵雍
　　《皇極經世書》（《四部備要》本，台北：台灣中華書局，1966）
邱維屏
　　《邱邦士文集》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
金堡
　　《□行堂集》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
施閏章
　　《施愚山集》（合肥：黃山書社，1992）
紀□（等編撰）
　　《四庫全書總目》（台北：藝文印書館，1989）
計六奇
　　《明季北略》（台北：台灣商務印書館，1979）
徐芳
　　《懸榻編》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
徐鼒（著）、徐承禮（補遺）
　　《小腆紀傳》（《清代傳記叢刊》本，台北：明文書局，1986）
馬其昶
　　《桐城耆舊傳》（台北：文海出版社，1969）
曹雪芹
　　《紅樓夢》（台北：聯經出版公司，1991）
陳確
　　《陳確集》（北京：中華書局，1979）
彭士望
　　《恥躬堂文鈔》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
普濟
　　《五燈會元》（台北：廣文書局，1971）
黃宅中（等修）、鄧顯鶴（等纂）
　　《寶慶府志》（台北：成文出版社，1975）
黃宗羲
　　《易學象數論》（《黃宗羲全集》本，浙江：浙江古籍出版社，1992）
　　《明儒學案》（《黃宗羲全集》本，台北：里仁書局，1987）
　　《南雷文定》（台北：台灣商務印書館，1970）
廖大聞（等修）、金鼎壽（纂）
　　《桐城續修縣志》（台北：成文出版社，1975）
語風圓信、郭凝之（編集）
　　《瑞州洞山良价禪師語錄》（日本東京大藏經刊行會《大正新修大藏經》本，台北：世樺印刷公司，1998）
趙爾巽（等纂）
　　《清史稿》（台北：鼎文書局，1981）
劉宗周
　　《劉子全書》（台北：華文書局，1969）
劉義慶（著）、徐震堮（校箋）
　　《世說新語校箋》（台北：文史哲出版社，1989）
劉獻廷
　　《廣陽雜記》（北京：中華書局，1957）
慧然（編集）
　　《鎮州臨濟慧照禪師語錄》（日本東京大藏經刊行會《大正新修大藏經》本，台北：世樺印刷公司，1998）
鄭玄（注）、孔穎達（疏）
　　《禮記正義》（《十三經注疏》本，台北：藝文印書館，1989）
錢澄之
　　《田間文集》（《錢澄之全集》本，合肥：黃山書社，1998）
　　《田間詩集》（《錢澄之全集》本）
　　《藏山閣選集》（南投：台灣省文獻委員會，1994）
憨山德清
　　《憨山老人夢遊集》（台北：新文豐出版公司，1973）
韓愈（著）、馬其昶（校注）
　　《韓昌黎文集校注》（上海：上海古籍出版社，1998）
魏禧
　　《魏叔子文集外篇》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
　　《魏叔子詩集》（《四庫禁毀書叢刊》本）
魏禮
　　《魏季子文集》（《四庫禁毀書叢刊》本，北京：北京出版社，2000）
蘇軾
　　《蘇軾文集》（北京：中華書局，1996）
覺浪道盛（述），大成、大然（等較）
　　《天界覺浪盛禪師全錄》（《中華大藏經》本，台北：修定中華大藏經會，1968）
覺浪道盛（述），大樞、大英（合錄）
　　《天界覺浪盛禪師嘉禾語錄》（《中華大藏經》本，台北：修定中華大藏經會，1968）
顧炎武
　　《新校顧亭林詩文集》（台北：世界書局，1963）
顧炎武（著）、黃汝成（集釋）
《日知錄集釋》（台北：世界書局，1991）
（二）專著
王永祥
　　《中國古代同一思想史》（濟南：齊魯書社，1991）
任道斌
　　《方以智、茅元儀著述知見錄》（北京：書目文獻出版社，1985）
　　《方以智年譜》（安徽：教育出版社，1983）
朱伯崑
　　《易學哲學史》（台北：藍燈文化公司，1991）
何冠彪
　　《生與死：明季士大夫的抉擇》（台北：聯經出版公司，1997）
余英時
　　《方以智晚節考》（台北：允晨文化公司，1986）
吳康
　　《邵子易學》（台北：台灣商務印書館，1959）
吳□
　　《朱元璋傳》（湖南：海南出版社，1993）
肖萐父、李錦全（主編）
　　《中國哲學史》（北京：人民出版社，1989）
周駿富（編）
　　《清代疇人傳》（《清代傳記叢刊》本，台北：明文書局，1986）
侯外廬（主編）
　　《中國思想史綱》（台北：五南圖書公司，1993）
　　《中國思想通史》（北京：人民出版社，1960）
　　《方以智全書》（上海：古籍出版社，1988）
侯外廬、邱漢生、張豈之（主編）
　　《宋明理學史》（北京：人民出版社，1987）
袁行霈
　　《中國文學史》（台北：五南圖書公司，2003）
張永堂
　　《方以智》（《中國歷代思想家》本，台北：台灣商務印書館，1987）
　　《明末方氏學派研究初編──明末理學與科學關係試論》（台北：文鏡文化公司，1987）
陳來
　　《宋明理學》（台北：洪葉文化公司，1994）
陳垣
　　《明季滇黔佛教考》（台北：彙文堂出版社，1987）
　　《清初僧諍記》（北京：中華書局，1962）
陳萬鼐
　　《元明清劇曲史》（台北：鼎文書局，1987）
葛榮晉（主編）
　　《中日實學史研究》（北京：中國社會科學出版社，1992）
劉君燦
　　《方以智》（台北：東大圖書公司，1988）
蔣國保
　　《方以智哲學思想研究》（安徽：人民出版社，1987）
謝正光（編撰）
　　《明遺民傳記資料索引》（台北：新文豐出版公司，1990）
謝明陽
　　《明遺民的「怨」「群」詩學精神──從覺浪道盛到方以智、錢澄之》（台北：大安出版社，2004）
羅正鈞
　　《船山師友記》（《清代傳記叢刊》本，台北：明文書局，1986）
羅熾
　　《方以智評傳》（南京：南京大學出版社，1998）
（三）論文
山井湧（撰）、盧瑞容（譯）
　　〈明末清初的經世致用之學〉，《史學評論》第12期
方豪
　　〈方以智和陶詩手卷及全文──觀王雪艇先生舊藏方以智手書長卷跋言〉，《東方雜誌》復刊第七卷第7期
王煜
　　〈方以智倡三教歸「易」論〉，《中國文化月刊》第56期
　　〈讀方以智「東西均」〉，王煜：《明清思想家論集》（台北：聯經出版公司，1981）
朱倓
　　〈明季桐城中江社考〉，《中央研究院史語所集刊》第一本第2分
何佑森
　　〈明末清初的實學〉，《台大中文學報》第4期
何冠彪
　　〈明末清初思想家對經學與理學之辨析〉，《九州學刊》第三卷第2期
　　〈顧炎武、黃宗羲、王夫之合稱清初三大儒考──兼說清初四大儒及五大儒之成員〉，《故宮學術季刊》第七卷第4期
李素娓
　　《方以智「藥地炮莊」中的儒道思想》，國立台灣大學中國文學研究所碩士論文，1978
林保淳
　　〈舊命題的全新架構──明清之際的經世思想〉，《幼獅學誌》第十九卷第4期
金隆德
　　〈關於方以智的宇宙觀的辨證〉，《中國哲學》第5輯
侯外廬
　　〈方以智──中國的百科全書派大哲學家〉上、下，《歷史研究》1957年6、7月
荒木見悟（撰）、廖肇亨（譯）
　　〈覺浪道盛初探〉，《中國文哲研究通訊》第九卷第4期
張永堂
　　《方以智的生平與思想》，國立台灣大學歷史學研究所博士論文，1977
　　《方以智研究初編》，國立台灣大學歷史學研究所近代史組碩士論文，1973
勞思光
　　〈「方以智晚節考」及「補證」讀後感〉，《新亞學術集刊》第2期
廖肇亨
　　〈金堡之節義觀與歷史評價探析〉，《中國文哲研究通訊》第九卷第4期
　　《明末清初遺民逃禪之風研究》，國立台灣大學中國文學研究所碩士論文，1994
儀真、冒懷辛
　　〈方以智死難事□考〉，《新亞學術集刊》第2期
劉浩洋
　　〈試論顧炎武「經學即理學」〉，《中華學苑》第46期
　　《方以智「東西均」思想研究》，國立政治大學中國文學研究所碩士論文，1997
蔣國保
　　〈方以智「易」學思想散論〉，黃壽祺、張善文編：《周易研究論文集》（北京：北京師範大學出版社，1990）
　　〈方以智的易學與醫學〉，《中國文化月刊》第149期
　　〈評王夫之論方以智〉，《中國文化月刊》第163期
謝明陽
　　《明遺民的莊子定位論題》，國立台灣大學中國文學研究所博士論文，2000
饒宗頤
　　〈方以智與陳子升〉，《清華學報》新十卷第2期