《海關醫報》（Medical Reports）是清末中國海關關冊《海關公報》（Customs Gazette）的一部份，原則上每半年出版一次，其刊行目的在於記錄中國開港地區的疾病種類、數量，並將之對應到當地之天候、風土、生活習慣上加以分析。本論文研究的範圍以臺灣開港地區的部分為限，時間上大致涵蓋自1871年到1895年的25年間。從事這項記錄工作的皆為駐當地的醫官，他們的工作兼具醫療及研究的雙重性質，其中並有不少醫生對臺灣島及島上居民產生職業以外的興趣，所以這些報告不只對臺灣醫療史、現代寄生蟲學等領域有重大意義，甚至也可視為業餘的人類學報告，它所提供的是一個看待十九世紀末臺灣歷史的「非漢人觀點」，可說是彌足珍貴。 透過這些報告，本論文提出瘧疾、痳瘋、毒癮幾項重大疾病，並與文獻資料作比對，證實舊志中一再提及的「瘴癘」，雖不能直接與瘧疾劃上等號，但其為禍之首，則有《海關醫報》的統計數據可為佐證。而致病之因，則與臺人不重環境衛生、過於迷信、輕視醫師等因素有直接的關係；尤其是這些盛行的疾病中，有絕大部份是熱帶傳染病，誠莫可輕忽矣！