我國憲法乃繼受自德國威瑪憲法，對於學校宗教教育在法律上皆有「政教分離」與「教育中立」等二原則。然而，何以台灣於學校宗教教育施行上之解讀為漠視而非採取多元之開放性政策？此外，政策的推行於現代法治國下除需有相關「法」之規範為依據外，其形成則與當時之政治、社會、文化有密不可分的關係，再加上台灣光復後之宗教教育政策乃延續清末民初以來於宗教上的相關政策與措施。於此，本文試圖從清末民初以來之政教關係與社會脈絡，來作一歷史溯因的探討，以找出潛藏在台灣當代宗教教育政策制定背後之歷史因素並結合相關法規法理分析，找出依我國憲法第13條宗教自由條款所衍生之相關原則中宗教與學校教育間該有的分際。最後於現行台灣宗教教育政策作一省思與檢討併提出建議。