自然病因觀是指人失去與宇宙相應的氣化原理，導致人體無法維持和諧狀態而生病。此理論強調人體與天地的對應法則，肯定人的生命可以經由「天人感應」落實在自然的運行規律中，所以人的形體存在也要法天則地，並且根據陰陽五行的時空對應法則來治理其身。形神合一的觀念，來自形神相合的生命整體思想，所以身體的形、氣、神等不是個別的孤立存在，而是緊密相互聯繫，共同構成一個有機的生命整體，與自然的失調，是疾病形成的主因之一。這種自然病因觀，是從天人同構的宇宙關係，來說明人失去了整體對應的秩序，故而無法達到「天人一物」與「內外一理」的有機聯繫。這種有機聯繫的斷裂與衝突，是個體系統的和諧秩序被破壞，筆者將分別從陰陽失調、五行失序、氣運混亂以及形神脫節四方面來探析。在陰陽失調方面：從升降陰陽、房中陰陽來說明；在五行失序方面：從五行特性、五行生剋乘侮、五行運用來說明；在氣運混亂方面：從氣血虧損、五運六氣學說來說明；在形神脫節方面：從形神關係、精、氣、神之關係來說明，以期能完整呈顯《抱朴子．內篇》自然病因觀之內涵