參考書目
本參考書目，前四項為書目，第五項則為學位及期刊論文。其中第一、二、三項乃以類分，第四之「今人專著」，由於內容較為繁雜，故依時代先後順序而分為（一）、佛學相關著作，（二）、非佛學相關著作兩類。
一、蕅益智旭之著作
《靈峰宗論》，臺中：青蓮出版社，1997年
《周易禪解》，臺北：自由出版社，1996年
《大乘起信論裂網疏》，《大正新修大藏經第四十四冊 NO.1850》，臺北：白馬精社印經會，1992年
《楞嚴經玄義》，《卍續藏經‧20冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《楞嚴經文句》，《卍續藏經‧20冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《楞伽經玄義》，《卍續藏經‧26冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《楞伽經義疏》，《卍續藏經‧26冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《占察善惡業報經義疏》，《卍續藏經‧35冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《占察善惡業報經義疏》，《卍續藏經‧35冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《盂蘭盆經新疏》，《卍續藏經‧35冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《金剛經破空論》，《卍續藏經‧39冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《金剛經觀心釋》，《卍續藏經‧39冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《般若心經釋要》，《卍續藏經‧41冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《法華經玄義節要》，《卍續藏經‧44冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《法華經綸貫》，《卍續藏經‧50冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《法華經會義》，《卍續藏經‧50冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《遺教經解》，《卍續藏經‧59冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《四十二章經解》，《卍續藏經‧59冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《八大人覺經略解》，《卍續藏經‧59冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《梵網經玄義》，《卍續藏經‧60冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《梵網經合註》，《卍續藏經‧60冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《菩薩戒本箋要》，《卍續藏經‧61冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《菩薩戒羯磨文釋》，《卍續藏經‧61冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《毗尼珍敬錄》，《卍續藏經‧61冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《重治毗尼事義集要》，《卍續藏經‧63冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《四分律藏大小持戒犍度略釋》，《卍續藏經‧71冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《佛說齋經科註》，《卍續藏經‧71冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《起信論裂網疏》，《卍續藏經‧72冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會1967年
《百法明門論直解》，《卍續藏經‧76冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《成唯識論觀心法要》，《卍續藏經‧82冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《成唯識三十論直解》，《卍續藏經‧83冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《觀所緣緣論直解》，《卍續藏經‧83冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《觀所緣緣論釋直解》，《卍續藏經‧83冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《因明入正理論直解》，《卍續藏經‧87冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《真唯識量略解》，《卍續藏經‧87冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《阿彌陀經要解便蒙鈔》，《卍續藏經‧91冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《八識規矩直解》，《卍續藏經‧98冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《教觀綱宗》，《卍續藏經‧101冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《教觀綱宗釋義》，《卍續藏經‧101冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《沙彌十戒威儀錄要》，《卍續藏經‧106冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《在家律要廣集》，《卍續藏經‧106冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《律要後集》，《卍續藏經‧106冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《梵網經懺悔行法》，《卍續藏經‧107冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《占察善惡業報經行法》，《卍續藏經‧129冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
《讚禮地藏菩薩懺願儀》，《卍續藏經‧129冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
二、儒家經典史傳
《周易注疏》，臺北：藝文印書館十三經注疏本，1989年1月11版
《論語注疏》，臺北：藝文印書館十三經注疏本，1989年1月11版
《孝經注疏》，臺北：藝文印書館十三經注疏本，1989年1月11版
（南朝宋）劉義慶著，徐震堮校箋：《世說新語校箋》，臺北：文史哲出版社，1989年9月再版
（宋）程頤、朱熹：《易程傳、易本義》，臺北：世界書局，2001年6月初版
（清）《欽定四庫全書總目》，臺北：藝文印書館，1997年9月初版
《續修四庫全書總目提要》，北京：中華書局，1993年7月第1版
《四庫未收書總目提要》，臺北：商務印書館，1939年12月簡編印行
（漢）司馬遷撰、（日）瀧川龜太郎：《史記會注考證》（學人版），臺北：洪氏出版社，1986年出版
（漢）班固撰、（唐）顏師古注：《漢書》，臺北：鼎文書局，1995年1月8版
（南北朝）范曄撰、（唐）李賢注：《後漢書》，臺北：鼎文書局，1994年3月7版
（晉）陳壽：《三國志》，臺北：鼎文書局，1993年2月7版
（梁）沈約：《宋書》，臺北：鼎文書局，1984年元月4版
（梁）蕭子顯：《南齊書》，臺北：鼎文書局，1993年5月7版
（唐）李延壽：《南史》，臺北：鼎文書局，1994年9月8版
（唐）房玄齡：《晉書》，臺北：鼎文書局，1992年11月7版
（唐）姚思廉：《梁書》，臺北：鼎文書局，1993年1月7版
（唐）魏徵：《隋書》，臺北：鼎文書局，1993年10月7版
（後晉）劉昫：《舊唐書》，臺北：鼎文書局，1994年10月8版
（宋）歐陽修：《新唐書》，臺北：鼎文書局，1994年10月8版
（宋）薛居正：《舊五代史》，臺北：鼎文書局，1992年4月7版
（宋）歐陽修：《新五代史》，臺北：鼎文書局，1994年6月6版
（元）托托：《宋史》，臺北：鼎文書局，1994年6月8版
（明）宋濂：《元史》，臺北：鼎文書局，1992年7月5版
（清）張廷玉：《明史》，臺北：鼎文書局，1975年臺1版
趙爾巽、柯紹忞：《清史稿》，臺北：新文豐出版公司，1981年
（宋）鄭樵：《通志二十略》，北京：中華書局，1995年11月第1版
（清）朱彝尊著，林慶彰師等編審：《點校補正經義考》，臺北：中央研究院中國文哲研究所籌備處，1997年6月初版
陳友諒、李心莊：《重編宋元學案》，臺北：正中書局，1987年5月臺第6次印行
（明）黃宗羲：《明儒學案》，臺北：中華書局，1984年臺4版
樓宇烈：《老子、周易王弼注校釋》，臺北：華正書局，1983年9月初版
（清）龔自珍：《龔自珍全集》，上海：上海人民出版社，1975年2月新1版
三、佛門經典史傳
龍樹作，（姚秦）鳩摩羅什譯：《中論》，《大正新修大藏經第三十冊 NO.1564》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（東晉）法顯譯：《大般涅槃經》，《大正新修大藏經第一冊 NO.7》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（隋）智顗：《妙法蓮華經玄義》，《大正新修大藏經第三十三冊 NO.1716》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（隋）智顗：《維摩經玄疏》，《大正新修大藏經第三十八冊 NO.1777》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（隋）智顗：《摩訶止觀》，《大正新修大藏經第四十六冊 NO.1911》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（隋）智顗述、法慎記：《釋禪波羅蜜次第法門》，《大正新修大藏經第四十六冊 NO.1916冊》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（梁）釋慧皎撰，湯用彤校注，湯一玄整理：《高僧傳》，北京：中華書局，1997年10月第3次印刷
（梁）釋寶唱、（明）釋明河：《名僧傳鈔、補續高僧傳》，臺北：新文豐出版公司，1995年4月1版
（唐）釋道宣：《續高僧傳》，《大正新修大藏經第五十冊 NO.2060》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（宋）釋贊寧撰，范祥雍點校：《宋高僧傳》，北京：中華書局，1997年10月第4次印刷
（宋）釋志磐：《佛祖統紀》，《大正新修大藏經第四十九冊 NO. 2035冊》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（宋）普濟：《五燈會元》，臺北：文津書局，1995年4月初版
（宋）慧洪：《禪林僧寶傳》，《卍續藏經‧137冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
（宋）祖琇：《僧寶正續傳》，《卍續藏經‧137冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
（元）釋念常：《佛祖歷代通載》，《卍續藏經‧132冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
（元）寶州覺岸：《釋氏稽古略》，《大正新修大藏經第四十九冊 NO. 2037》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（明）釋如惺：《大明高僧傳》，《大正新修大藏經第五十冊 NO.2062冊》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（明）幻輪：《釋氏稽古略續集》，《大正新修大藏經第四十九冊 NO.2038》，臺北：白馬精社印經會，1992年
（清）自融撰，性磊補輯：《南宋元明禪林僧寶傳》，《卍續藏經‧137冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
喻昧庵：《新續高僧傳四集》，臺北：廣文書局，1977年12月初版
（明）雲棲株宏：《蓮池大師全集》，臺北：中華佛教文化館，1972年
（明）錢謙益纂閱：《紫柏尊者別集》，《卍續藏經‧127冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
（明）德清閱：《紫柏尊者全集》，《卍續藏經‧126、127冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
（明）福善日錄、通炯編輯：《憨山大師夢遊全集》，《卍續藏經‧127冊》，臺北：中國佛教會影印卍續藏經委員會，1967年
四、今人專著
（一）、佛學相關著作
梁啟超：《佛學研究十八篇》，臺北：臺灣中華書局，1985年5月臺5版
湯用彤：《漢魏兩晉南北朝佛教史》，臺北：佛光文化事業有限公司，2001年4月初版
湯用彤：《隋唐佛教史稿》，臺北：佛光文化事業有限公司，2001年4月初版
呂澂：《中國佛學源流略講》，臺北：里仁書局，1998年1月15日初版
印順導師：《中國禪宗史》，新竹：正聞出版社，1998年1月
印順導師：《人間佛教論集》，新竹：正聞出版社，2001年5月1日初版2刷
印順導師：《印度佛教思想史》，新竹：正聞出版社，2003年4月15刷
（日）忽滑谷快天著、朱謙之譯：《中國禪學思想史》，上海：上海古籍出版社，1994年5月第1版
陳垣：《釋氏疑年錄》，北京：中華書局，1988年第1版第3次印刷
牟宗三：《佛性與般若》，臺北：臺灣學生書局，1989年2月修訂5版
傅偉勳：《從傳統到現代－佛教倫理與現代社會》，臺北：東大圖書股份有限公司，1990年10月初版傅偉勳：《佛教思想的現代探索》，臺北：東大圖書股份有限公司，1995年3月初版張曼濤：《佛教與中國思想及社會》，臺北：大乘文化出版社，1978年12月初版
張曼濤：《中國佛教史論集（六）－－明清佛教史篇》，臺北：大乘文化出版社，1977年11月初版
釋本光：《周易禪觀頓悟指要》，成都：巴蜀書社，1999年5月第1版
釋聖嚴：《明末佛教研究》，臺北：東初出版社，1992年2月2版釋聖嚴（關世謙譯）：《明末中國佛教之研究》，臺北：臺灣學生書局，1988年11月初版任繼愈、杜繼文：《佛教史》，臺北：曉園出版社有限公司，1995年1月初版
關世謙譯：《佛學研究指南》，臺北：東大圖書股份有限公司，1993年1月再版
關世謙譯：《中國禪宗史》，臺北：東大圖書股份有限公司，1991年4月再版
方立天：《中國佛教與傳統文化》，臺北：桂冠圖書股份有限公司，1994年4月初版2刷楊惠南：《佛教思想新論》，臺北：東大圖書股份有限公司，1998年2月4版
楊惠南：《佛教思想發展史論》，臺北：東大圖書股份有限公司，1997年8月再版楊惠南：《禪史與禪思》，臺北：東大圖書股份有限公司，1995年月初版楊惠南：《龍樹與中觀哲學》，臺北：東大圖書股份有限公司，1992年10月再版杜繼文、魏道儒：《中國禪宗通史》，江蘇：江蘇古籍出版社，1995年2月第1版
陳揚炯：《中國淨土宗通史》，江蘇：江蘇古籍出版社，2000年1月第1版
魏道儒：《中國華嚴宗通史》，江蘇：江蘇古籍出版社，2001年5月第1版
牟鍾鑒、張踐：《中國宗教通史》，北京：社會科學文獻出版社，2000年1月第1版
潘桂明：《中國居士佛教史》，北京：中國社會科學出版社，2000年9月第1版
王仲堯：《隋唐佛教判教思想研究》，成都：巴蜀書社，2000年9月第1版
陳德述注釋、施維點校：《周易四書禪解》，北京：團結出版社，1996年12月1版
夏金華：《佛學與易學》，臺北：新文豐出版公司，1997年4月1版王仲堯：《易學與佛教》，北京：中國書店，2001年7月第1版
潘雨廷：《易與佛教、易與老莊》，瀋陽：遼寧教育出版社，1998年12月第1版
蔣義斌：《宋儒與佛教》，臺北：東大圖書股份有限公司，1997年9月初版蔣義斌：《宋代儒釋調和論及排佛論之演進》，臺北：臺灣商務印書館，1997年10月初版第二次印刷
龔鵬程師：《佛教與佛學》，臺北：新文豐出版公司，1996年臺1版
夏清瑕：《憨山大師佛學思想研究》，《法藏文庫‧中國佛教學術論典‧29》，高雄：佛光山文教基金會，2001年初版
周學農：《出世、入世與契理契機》，《法藏文庫‧中國佛教學術論典‧8》，高雄：佛光山文教基金會，2001年初版
彭自強：《佛教與儒道的衝突與融合》，《法藏文庫‧中國佛教學術論典‧8》，高雄：佛光山文教基金會，2001年初版
崔森：《憨山思想研究》，《法藏文庫‧中國佛教學術論典‧29》，高雄：佛光山文教基金會，2001年初版
恒毓：《佛道儒心性論比較研究》，《法藏文庫‧中國佛教學術論典‧36》，高雄： 佛光山文教基金會，2001年初版
韓煥忠：《佛性論與儒家人性論重建》，《法藏文庫‧中國佛教學術論典‧36》，高雄：佛光山文教基金會，2001年初版
陳永革：《晚明佛學的復興與困境》，《法藏文庫‧中國佛教學術論典‧39》，高雄：佛光山文教基金會，2001年初版
林朝成、郭朝順：《佛學概論》，臺北：三民書局，2000年2月初版
（二）、非佛學相關著作
朱彝尊：《經義考》，臺北：中央研究院中國文哲研究所籌備處，1999年8月初版
皮錫瑞：《經學歷史》，臺北：臺灣商務印書館，1984年臺4版
皮錫瑞：《經學通論》，臺北：臺灣商務印書館，1989年臺5版
馬宗霍：《中國經學史》，臺北：臺灣商務印書館，1992年11月臺1版第七次印刷
牟宗三：《周易的自然哲學與道德函義》，臺北：文津出版社，1998年8月初版
牟宗三：《心體與性體》，臺北：正中書局，1989年5月臺初版牟宗三：《中國哲學十九講》，臺北：臺灣學生書局，1989年2月第3次印刷
牟宗三：《心體與性體》，臺北：正中書局，1989年5月臺初版高懷民：《先秦易學史》，臺北：中國學術著作獎助委員會，1986年再版
高懷民：《兩漢易學史》，臺北：中國學術著作獎助委員會，1983年3版
黃壽祺、張善文：《周易研究論文集‧1》，北京：北京師範大學出版社，1988年第2次印刷黃壽祺、張善文：《周易研究論文集‧2》，北京：北京師範大學出版社，1989年第1次印刷
黃壽祺、張善文：《周易研究論文集‧3》，北京：北京師範大學出版社，1990年第1次印刷
黃壽祺、張善文：《周易研究論文集‧4》，北京：北京師範大學出版社，1990年第1次印刷
錢穆：《國史大綱》，臺北：臺灣商務印書館，1988年12月修訂15版
徐復觀：《中國經學史的基礎》，臺北：學生書局，1922年初版勞思光：《新編中國哲學史‧一》，臺北：三民書局，1988年增訂4版
勞思光：《新編中國哲學史‧二》，臺北：三民書局，1987年增訂3版
勞思光：《新編中國哲學史‧三上》，臺北：三民書局，1987年3版
勞思光：《新編中國哲學史‧三下》，臺北：三民書局，1987年增訂4版
朱伯崑：《易學晢學史》，臺北：藍燈文化事業股份有限公司，1991年9月初版
侯外廬、邱漢生、張豈之：《宋明理學史》，北京：人民出版社，1984年4月第1版
姜亮夫：《歷代名人年里碑傳總表》，臺北：臺灣商務印書館，1993年11月臺1版第4次印刷
李威熊：《中國經學發展史論‧上》，臺北：文史哲出版社，1988年12月初版余英時：《歷史與思想》，臺北：聯經出版事業公司，1987年1月第12次印行
余英時：《中國思想傳統的現代詮釋》，臺北：聯經出版事業公司，1990年4月第4次印行
董金裕主編：《十三經論著目錄》，臺北：洪葉文化事業有限公司，2000年6月初版一刷
陳來：《宋明理學》，臺北：洪葉文化事業有限公司，1994年9月初版1刷
廖名春：《周易經傳與易學史新論》，濟南：齊魯書社，2001年8月第1版
張其成：《易道：中華文化主幹》，北京：中國書店，1999年1月第1版
鄭志明：《明代三一教主研究》，臺北：臺灣學生書局，1988年8月初版
龔鵬程師：《晚明思潮》，臺北：里仁書局，1994年11月30日初版
劉瀚平：《宋象數易學研究》，臺北：五南圖書出版公司，1994年2月初版趙中偉：《易經圖書大觀》，臺北：洪葉文化事業有限公司，1999年3月初版
（美）柯文著，（林同奇譯）：《在中國發現歷史》，臺北：稻香出版社，1991年8月初版
黃進興：《歷史主義與歷史理論》，臺北：允晨文化實業股份有限公司，1999年11月初版4刷蔣秋華主編：《乾嘉學者的治經方法》，臺北：中研院文哲所籌備處，2000年
五、學位及期刊論文
（一）、學位論文
鄧繼盈：《澫益智旭淨土思想之研究》，國立政治大學中國文學研究所碩士論文，1980年
張瑞佳：《明末澫益大師之生平及其佛學思想研究》，華梵大學東方人文思想研究所碩士論文，1990年
江燦騰：《晚明佛教叢林改革與佛學諍辯之研究－以憨山德清的改革生涯為中心》，國立臺灣大學歷史學研究所碩士論文，1990年連瑞枝：《錢謙益與明末清初的佛教》，清華大學歷史研究所碩士論文，1993年
陳進益：《清焦循易圖略、易通釋之研究》，國立中央大學中國文學研究所碩士論文，1994年
羅永吉：《四書蕅益解研究》，成功大學中國文學研究所碩士論文，1995年
簡瑞銓：《四書蕅益解研究》，東吳大學中國文學研究所碩士論文，1996年
釋見曄：《明末佛教發展之研究》，中正大學歷史研究所碩士論文，1997年
張玲芳：《釋德清以佛解老莊思想之研究》，中興大學中國文學研究所碩士論文，1999年
黃馨儀：《釋智旭援佛解易思想研究》，中興大學中國文學研究所碩士論文，2003年
（二）、期刊論文
古正美：〈大乘佛教孝觀的發展背景〉，傅偉勳主編：《從傳統到現代－佛教倫理與現代社會》，臺北：東大圖書股份有限公司，1990年10月初版冉雲華：〈中國佛教對孝道的受容及後果〉，傅偉勳主編《從傳統到現代－佛教倫理與現代社會》，臺北：東大圖書股份有限公司，1990年10月初版康樂：〈孝道與北魏政治〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊‧1993年3月，第64卷‧第1期》林麗真：〈論魏晉的孝道觀念及其與政治、哲學、宗教的關係〉，《文史哲學報‧1993年6月，第40期》夏金華：〈蕅益大師與周易禪解〉，《圓光佛學學報‧1993年12月，創刊號》王志楣：〈試論中國文化對佛教孝道觀的融攝—對古正美：大乘佛教孝觀的發展背景一文的商榷〉，《中華學苑‧1994年4月，第44期》陳英善：〈蕅益智旭思想的特質及其定位問題〉，《中國文哲研究期刊‧1996年3月，第8期》蘇樹華：〈儒佛文化的比較研究〉，《宗教哲學‧1998年7月，第4卷‧第3期》洪順隆：〈梁武帝作品中的「儒佛會通」論〉，《國立編譯館館刊‧1999年6月，第28卷‧第1期》
鄭吉雄：〈從經典詮釋傳統論二十世紀易詮釋的分期與類型〉，《人文學報‧1999年12月－2000年6月，第20、21期合刊》何澤恆：〈孔子與易傳相關問題覆議〉，《臺大中文學報‧2000年5月，12期》戴璉璋：〈王陽明與周易〉，《中國文哲研究集刊‧2000年9月，第17期》馮錦榮：〈「格義」與六朝周易義疏學－以日本奈良興福寺藏講周易疏論家義記殘卷為中心〉，《新亞學報‧2001年11月，第21卷》
林文彬：〈試論智旭周易禪解天台學之特色〉，《興大人文學報‧2002年6月，第32期》劉澤亮：〈周易禪解哲學智慧觀〉，《哲學與文化‧2003年6月，第30卷‧第6期》杜保瑞：〈蕅益智旭溝通儒佛的方法論探究〉，《哲學與文化‧2003年6月，第30卷‧第6期》蘇樹華：〈從儒與禪的比較上來看儒家的道統傳承〉，《哲學與文化‧2003年6月，第30卷‧第6期》