一、中文古籍
後秦‧鳩摩羅什譯：《梵網經．盧舍那佛說菩薩心地戒品》，《大正新修大藏經》第24冊，臺北：新文豐，1983年。
後秦‧鳩摩羅什譯：《維摩詰所說經》，《大正新修大藏經》第14冊，臺北：新文豐，1983年。
梁‧菩提達摩：《達磨大師血脈論》，《卍續藏經》第110冊，臺北：中國佛敎會影印卍續藏經委員會，1968年。
梁‧釋僧祐：《弘明集》，上海：上海古籍出版社，1991年。
唐‧孔穎達：《周易正義》，臺北：藝文印書館，2001年。
唐‧孔穎達：《孟子注疏》，臺北：藝文印書館，2001年。
唐‧孔穎達：《春秋穀梁傳注疏》，臺北：藝文印書館，2001年。
唐‧孔穎達：《論語注疏》，臺北：藝文印書館，2001年。
唐‧永嘉玄覺：《禪宗永嘉集》，《大正新修大藏經》第48冊，臺北：新文豐，1983年。
唐‧圭峰宗密：《禪源諸詮集都序》，《大正新修大藏經》第48冊，臺北：新文豐，1983年。
唐‧法海集：《南宗頓教最上大乘摩訶般若波羅蜜經六祖惠能大師於韶州大梵寺施法壇經》，《大正新修大藏經》第48冊，臺北：新文豐，1983年。
唐‧般剌蜜帝譯：《大佛頂如來密因修證了義諸菩薩萬行首楞嚴經》，《大正新修大藏經》第19冊，臺北：新文豐，1983年。
唐‧韓愈著；劉真倫、岳珍校注：《韓愈文集彙校箋注》，北京：中華書局，2010年。
吳越國‧永明延壽：《宗鏡錄》，《大正新修大藏經》第48冊，臺北：新文豐，1983年。
南唐‧靜、筠編撰：《祖堂集》，北京：中華書局，2007年
宋‧天童正覺頌古、萬松行秀評唱：《萬松老人評唱天童覺和尚頌古從容庵錄》，《大正新修大藏經》第48冊，臺北：新文豐，1983年。
宋‧朱熹：《四書章句集注》，北京：中華書局，1983年。
宋‧紹隆等編：《圓悟佛果禪師語錄》，《大正新修大藏經》第47冊，臺北：新文豐，1983年。
宋‧陸九淵《陸九淵集》，北京：中華書局，1980年。
宋‧程顥、程頤：《二程集》，北京：中華書局，2004年。
宋‧圓悟克勤：《佛果圜悟禪師碧巖錄》，《大正新修大藏經》第48冊，臺北：新文豐，1983年。
宋‧黎靖德編，王星賢點校：《朱子語類》，北京：中華書局，1999年。
宋‧賾藏主編：《古尊宿語錄》，北京：中華書局，1994年。
宋‧蘊聞編：《大慧普覺禪師語錄》，《大正新修大藏經》第47冊，臺北：新文豐，1983年。
宋‧釋正受編：《嘉泰普燈錄》，《頻伽大藏經》184冊，北京：九州圖書，1998年。
宋‧釋普濟編：《五燈會元》，北京：中華書局，1989年。
宋‧釋道原編：《景德傳燈錄》，《大正新修大藏經》第51冊，台北：新文豐，1983年。
元‧宗寶：《六祖法寶壇經》，《大正新修大藏經》第48冊，臺北：新文豐，1983年。
明‧王陽明著、吳光等編校：《王陽明全集（新編本）》，杭州：浙江古籍出版社，2010年
明‧王畿：《王畿集》，南京：鳳凰出版社，2007年。
明‧李樂：《見聞雜記》，上海：上海古籍出版社，1986年。
明‧沈德符：《萬曆野獲編》，北京：中華書局，1959年。
明‧來斯行：《槎菴小乘》，臺北：學生書局，1971年。
明‧周汝登：《四書宗旨》，《中國子學名著集成》珍本初編第20冊，臺北：中國子學名著集成編印基金會，1978年。
明‧周汝登：《佛法正輪》，《美國哈佛燕京圖書館藏中文善本彙刊》第33冊，北京：商務印書館；桂林：廣西師範大學，2003年。
明‧周汝登：《東越證學錄》，《四庫全書存目叢書》集部第165冊，台南：莊嚴文化，1995年。
明‧周汝登：《聖學宗傳》，《四庫全書存目叢書》史部第98-99冊，台南：莊嚴文化，1995年。
明‧明凡錄，丁元公、祁駿佳編：《湛然圓澄禪師語錄》，《卍續藏經》第126冊，臺北：中國佛敎會影印卍續藏經委員會，1968年。
明‧明方說、淨柱編：《石雨禪師法檀》，《嘉興大藏經》第27冊，臺北：新文豐，1987年。
明‧明海編：《雲門湛然禪師語錄》，荒木見悟、岡田武彥主編《近世漢籍叢刊．思想四編》第10冊，寬文五年和刻本，京都：中文出版社，1972年。
明‧祁彪佳：《祁彪佳文稿》，北京：國家圖書館出版社，1991年。
明‧查鐸：《闡道集》，《四庫未收書輯刊》第七輯16冊，北京：北京出版社，2000年。
明‧朗目本智撰、周理輯：《浮山法句》，《嘉興大藏經》第25冊，臺北：新文豐，1987年。
明‧耿定向：《耿定向集》，上海：華東師範大學，2015年。
明‧袁中道著，錢伯城點校：《珂雪齋集》，上海：上海古籍出版社，1989年。
明‧袁宏道：《西方合論》，《大正新修大藏經》第47冊，臺北：新文豐，1983年。
明‧袁宏道著、錢伯城箋校：《袁宏道集箋校》，上海：上海古籍出版社，2008年。
明‧高攀龍《高子遺書》，《無錫文庫》第四輯，南京：鳳凰出版社，2011年。
明‧密雲圓悟：《密雲禪師語錄》，《乾隆大藏經》第113冊，臺北：世樺國際公司，2003年。
明‧陳建：《學蔀通辨》，《叢書集成新編》第23冊，臺北：新文豐，1985年。
明‧陶望齡：《歇菴集》，《續修四庫全書》集部第1365冊，上海：上海古籍出版社，2002年。
明‧陶望齡著，清‧徐燦、袁終彩輯：《陶石簣先生四書要達》，《四庫禁燬書叢刊補編》第3冊，北京：北京出版社，2005年。
明‧陶奭齡：《小柴桑諵諵錄》，國家圖書館藏明崇禎間吳寧李為芝校刊本
明‧陶奭齡：《賜曲園今是堂集》，《四庫禁燬書叢刊》集部第80冊，北京：北京出版社，2000年。
明‧湛然圓澄：《慨古錄》，《卍續藏經》第114冊，臺北：中國佛敎會影印卍續藏經委員會，1968年。
明‧湛然圓澄：《禪宗或問》，荒木見悟、岡田武彥主編《近世漢籍叢刊．思想四編》第10冊，寬文五年和刻本，京都：中文出版社，1972年。
明‧無念深有撰、明聞刪定：《黃蘗無念禪師復問》，《嘉興大藏經》第20冊，臺北：新文豐，1987年。
明‧焦竑：《楞嚴經精解評林》，《頻伽大藏經》114冊，北京：九州圖書，1998年。
明‧焦竑著，李劍雄點校：《焦氏筆乘》，上海：上海古籍出版社, 1986年。
明‧焦竑著，李劍雄點校：《澹園集》，北京：中華書局，2013年。
明‧紫柏真可：《紫柏尊者別集》，《卍續藏經》第127冊，臺北：中國佛敎會影印卍續藏經委員會，1968年。
明‧雲棲袾宏：《雲棲法彙》，《嘉興大藏經》第32、33冊，臺北：新文豐，1987年。
明‧黃輝：《黃太史怡春堂逸稿》，《明代論著叢刊》第二輯，臺北：偉文圖書出版社，1976年。
明‧圓信說、弘歇等編：《雪嶠信禪師語錄》，《乾隆大藏經》第113冊，臺北：世樺國際公司，2003年。
明‧董其昌：《容臺集》，杭州：西泠印社，2012年。
明‧過庭訓：《本朝分省人物考》，臺北：成文，1971年。
明‧劉日升撰、鄒元標選：《慎修堂集》，臺北國家圖書館藏明泰昌元年（1620）原刊本。
明‧劉麟長：《浙學宗傳》，《四庫全書存目叢書》史部第111冊，濟南：齊魯書社，1996年。
明‧憨山德清：《憨山大師夢遊全集》，《卍續藏經》，臺北：中國佛敎會影印卍續藏經委員會，1968年。
明‧薛侃：《薛侃集》，上海：上海古籍，2014年。
明‧聶豹：《聶豹集》，南京：鳳凰出版社，2007年。
明‧瀞挺：《閱經十二種》，《嘉興大藏經》第34冊，臺北：新文豐，1987年。
明‧羅洪先：《羅洪先集》，南京：鳳凰出版社，2007年。
明‧羅欽舜：《困知記》，《叢書集成新編》第23冊，臺北：新文豐，1985年。
清‧刁包：《用六集》，收於《清代詩文集彙編》第 18冊，上海：上海古籍出版社，2010年。
清‧李慈銘：《越縵堂文集》，收於《清代詩文集彙編》第713冊，上海：上海古籍出版社，2010年。
清‧沈佳：《明儒言行錄》，《四庫全書珍本三集》第145冊，臺北：臺灣商務印書館，1972年。
清‧邵廷采：《思復堂文集》，杭州：浙江古籍出版社，2010年。
清‧紀昀等：《武英殿本四庫全書總目提要》，臺北：臺灣商務印書館，1983年。
清‧孫奇逢：《理學宗傳》，《叢書人物傳記資料類編．學林卷》第3冊，北京：北京圖書館出版社，2006年。
清‧孫詒讓：《墨子閒詁》，北京：中華書局，2010年。
清‧徐乾學：《憺園文集》，臺北：漢華文化，1971年。
清‧張廷玉等：《明史》，北京：中華書局，1997年。
清‧章學誠著、葉瑛校注：《文史通義校注》，臺北：頂淵文化，2002年。
清‧彭紹昇撰，張培鋒校注：《居士傳校注》，北京：中華書局，2014年。
清‧超永編：《五燈全書》卷79，《頻伽大藏經》第188冊（北京：九洲圖書，2000年
清‧黃宗羲：《黃宗羲全集》，杭州：浙江古籍出版社，2005年。
清‧萬斯同：《儒林宗派》，臺北：廣文書局，1971年。
清‧劉宗周著、吳光主編：《劉宗周全集》，杭州市：浙江古籍出版社，2007年。
清‧錢謙益：《牧齋初學集》，上海：上海古籍出版社，1985年。
清‧魏禧：《魏叔子文集》，北京：中華書局，2003年。
民國‧程樹德：《論語集釋》，臺北：鼎文書局，1975年。
民國‧釋印光：《印光法師文鈔》，臺北：佛教出版社，1979年。
二、方志
明‧周應賓：《重修普陀山志》，臺北：新文豐，2013年。
明‧張元忭：《雲門志略》，揚州：廣陵書社，2006年。
明‧張元忭編撰：《（萬曆）紹興府志》，臺北：成文出版社，1983年。
明‧許東望《（嘉靖）山陰縣志》，《日本藏中國罕見地方志叢刊續編》3，北京：北京圖書館出版社，2003年。
清‧佚名：《金粟寺志》，揚州：廣陵書社，2006年。
清‧佚名：《姚江書院志略》，趙所生、薛正興主編《中國歷代書院志》第9冊，南京：江蘇教育出版社，1995年。
清‧佚名：《雲棲紀事》，杜潔祥主編《中國佛寺志彙刊》第一輯第28冊，臺北：明文書局，1980年。
清‧馬元：《重修曹溪通志》，《藏外佛經》第21冊，合肥：黃山書社，2005年。
清‧趙甸編：《雲門顯聖寺志》，揚州：廣陵書社，2006年。
清‧錢維喬修，錢大昕纂：《（乾隆）鄞縣志》卷18，《續修四庫全書》第706冊，上海：上海古籍，1995年。
清‧嚴思忠修、蔡以瑺纂：《（同治）嵊縣志》，臺北：成文出版社，1974年。
三、現代學術論著
卜正民：《為權力祈禱：佛教與晚明中國士绅社會的形成》，南京：江蘇人民出版社，2005年。
小川隆：《語錄的思想史──解析中國禪》，上海：復旦大學出版社，2015年。
方祖猷、滕復編：《論浙東學術》，北京：中國社會科學出版社，1995年。
方祖猷：《清初浙東學派論叢》，臺北：萬卷樓，1996年。
包筠雅：《功過格：明清社會的道德秩序》，杭州：浙江人民出版社，1999年。
江燦騰：《曹溪之願：江燦騰教授六秩還曆自選紀念集》，臺北：新文豐，2005年。
何宗美：《公安派結社考論》，重慶：重慶出版社，2005年。
何宗美：《明末清初文人結社研究》，天津：南開大學出版社，2003年。
何冠彪：《明末清初學術思想研究》，臺北：學生書局，1991年。
何炳松：《浙東學派溯源》，桂林：廣西師範大學出版社，2004年。
吳震：《明代知識界講學活動繫年：1522-1602》，上海：學林出版社，2003年。
吳震：《明末清初勸善運動思想研究》，臺北：臺灣大學出版中心，2009年。
吳震：《泰州學派研究》，北京：人民大學出版社，2009年。
吳震：《顏茂猷思想研究》，北京：東方出版社，2015年。
呂妙芬：《陽明學士人社群──歷史、思想與實踐》，臺北：中央研究院近代史研究所，2003年。
杜維明著、彭國翔編譯：《儒家傳統與文明對話》，石家莊：河北人民出版社，2006年。
周裕鍇：《禪宗語言》，臺北：世界宗教博物館，2002年。
徐聖心：《青天無處不同霞──明末清初三教會通管窺》，臺北：臺大出版中心，2010年。格里高瑞編、馮煥珍等譯：《頓與漸：中國思想中通往覺悟的不同法門》，上海：上海古籍出版社，2010年。
秦家懿、孔漢思合撰；吳華譯：《中國宗教與西方神學》，臺北：聯經，1993年。
荒木見悟著，周賢博譯：《近世中國佛教的曙光：雲棲祩宏研究》，臺北：慧明文化，2001年。
荒木見悟著，廖肇亨譯：《佛教與儒教》，臺北：聯經，2008年。
荒木見悟著，廖肇亨譯：《明末清初的思想與佛教：中囯心学の鼓動と仏教》，臺北：聯經，2006年
酒井忠夫：《中國善書之研究》，南京：江蘇人民出版社，2010年。
張天杰：《蕺山學派與明清學術轉型》，北京：中國社會科學出版社，2014年。
許朝陽：《善惡皆天理：宋明儒者對善惡本體義蘊之探討》，臺北：文史哲，2014年。陳玉女：《明代的佛教與社會》，北京：北京大學出版社，2011年。
陳來：《有無之境：王陽明哲學的精神》，臺北：佛光，2000年。
陳垣：《明季滇黔佛教考》，北京：中華書局，1962年。
陳垣：《清初僧諍記》，北京：中華書局，1962年。
陳祖武：《中國學案史》，上海：東方出版中心，2008年。
陳榮捷：《王陽明與禪》，臺北：學生書局，1984年。李晨陽：《多元世界中的儒家》，臺北：五南，2006年。
彭國翔：《良知學的展開︰王龍溪與中晚明的陽明學》，臺北：臺灣學生書局，2003年。彭國翔：《近世儒學史的辨正與鉤沉》，臺北：允晨文化，2013年。
彭國翔：《儒家傳統：宗教與人文主義之間》，北京：北京大學出版社，2007年。
楊正顯：《陶望齡與晚明思想》，臺北：花木蘭出版社，2010年。
楊自平：《世變與學術──明清之際士林《易》學與殿堂《易》學》，臺北：臺灣大學出版中心，2012年。楊伯峻《列子集釋》，北京：中華書局，1985年。
楊聯陞：《中國文化中報、保、包之意義》，香港：中文大學出版社，1987年（2009重排本）。
鈴木大拙著，葛兆光譯：《通向禪學之路》，上海：上海古籍出版社，1989年。
劉述先：《全球倫理與宗教對話》，石家莊：河北人民出版社，2006年。蔣義斌：《宋代儒釋調和論及排佛論之演進──王安石之融通儒釋及程朱學派之排佛反王》，臺北：臺灣商務印書館，1988年。錢明：《王陽明及其學派論考》，北京：人民出版社，2009年。
錢明：《浙中王學研究》，北京：中國人民大學出版社，2009年。
錢茂偉：《姚江書院派研究》，北京：中國社會科學出版社、文化藝術出版社，2005年。
錢新祖：《思想與文化論集》，臺北：臺大出版中心，2013年。錢新祖著，宋家復譯：《焦竑與晚明新儒思想的重構》，臺北：臺灣大學出版中心，2014年。
鍾彩鈞編：《劉蕺山學術思想論集》，《中國文哲論集》第10冊，臺北：中央硏究院中國文哲硏究所，1998年。
藍吉富：《中國佛教泛論》，臺北：新文豐，1993年。
魏千鈞：《夷夏觀研究：從春秋歷史到《春秋》經傳的考察》，臺灣大學中文所博士論文，2013年。魏月萍：《君師道合：晚明儒者的三教合一論述》，臺北：聯經，2016年。釋見瞱：《明末佛教發展之研究──以晚明四大師為中心》，臺北：法鼓文化，2007年
釋聖嚴：《明末佛教研究》，臺北：法鼓文化，2000年。釋聖嚴著，釋會靖（關世謙）譯：《明末中國佛教之研究》，臺北：法鼓文化，2009年。四、期刊論文
方立天：〈因果報應論述評上〉，《哲學與文化》第20卷第7期，1993年7月。方立天：〈因果報應論述評下〉，《哲學與文化》第20卷第8期，1993年8月。朱鴻林：〈陽明從祀典禮的爭議和挫折〉，《中國文化研究所學報》新第5期，1996年，頁167-182。林芷瑩：〈重論祁彪佳作為「蕺山弟子」〉，《台大中文學報》第46期，2014年9月，頁177-212。夏長樸：〈《四庫全書總目》與漢宋之學的關係〉，《故宮學術季刊》23卷2期，2005年。
孫中曾：〈明末禪宗在浙東興盛之緣由探討〉，《國際佛學研究》第2期，1992年，頁141-176。
徐一智：〈末法佛教的守護者──湛然圓澄《魚兒佛》中觀音信仰之研究〉（《臺灣師大歷史學報》52期，2014年12月，頁45-94。張克偉：〈周汝登生平及其著述論略〉，《書目季刊》22:4，1989年，頁53-62。
張克偉：〈姚江書院與清初王學〉，《中國國學》第21期，1993年年11月，頁123-136。
張克偉：〈陽明學研究論著目錄〉，《書目季刊》第22卷第2期，1988年，頁91-139。
張崑將：〈當代日本學者陽明學研究的回顧與展望〉，《臺灣東亞文明研究學刊》第2卷第2期，2005年12月，頁251-197。章宏偉：〈方冊藏的刊刻與明代官版大藏經〉，朱誠如、王天有主編《明清論叢》第5輯，北京：紫禁城出版社，2004年，頁145-207。
章宏偉：〈故宮博物院藏《嘉興藏》的價值──從嘉興藏學術研究史角度來探討〉，李文儒主編《故宮學刊》第1輯，北京：紫禁城出版社，2005年，頁540-585。
郭齊勇：〈中國大陸地區近五年來（1993-1997）的儒學研究〉，劉述先主編：《儒家思想在現代東亞──中國大陸與台灣篇》，臺北：中研院文哲所籌備處，2000年，頁59-122。
陳立勝：〈王陽明四句教的三次辯難及其詮釋學義蘊〉，《台大歷史學報》29期，2002年6月，頁1-27。楊正顯：〈王陽明年譜與從祀孔廟之研究〉，《漢學研究》第29卷第1期，2011年3月，頁153-187。楊芳燕：〈明清之際思想轉向的近代意涵──研究現狀與方法的省察〉，《漢學研究通訊》第20卷第2期，2001年5月，頁44-53。廖肇亨：〈天下第一偷懶沙門──雪嶠圓信與明末清初的禪宗〉，《東華漢學》1，2003年，頁229-259。窪德忠：〈金代的新道教與佛教──從三教調和思想來看〉，劉俊文主編、黃約瑟等譯：《日本學者研究中國史論著選譯》第七卷，北京：中華書局，1993年，頁478-496。
趙國慶：〈陶望齡詩文集版本考述〉，《古籍整理研究學刊》第4期，2016年7月，頁38-42。
歐陽宜璋：〈趙州無字公案的疑與參〉，清雲技術學院《佛學學術研討會論文集》，2002年5月。
蔡振豐：〈方以智三教道一論的特色及其體知意義〉，邢益海編：《冬煉三時傳舊火──港臺學人論方以智》，北京：華夏出版社，2012年。諸煥燦：〈姚江書院志略與姚江書院〉，《大陸雜誌》第93卷第2期，1996年8月，頁92-95。
鄧克銘：〈大慧宗杲禪師禪法之特色〉，《中華佛學學報》第一期，1987，頁281-293。錢志熙：〈論浙東學派的譜系及其在學術思想史上的位置──從解讀章學誠《浙東學術》入手〉，《中國典籍與文化》總第80期，2012年，頁61-72。
鍾彩鈞〈羅念菴的宗教意識〉，鍾彩鈞、周大興主編《跨文化視野下的東亞宗教傳統：體用修證篇》，臺北：中央研究院中國文哲研究所，2010年12月，頁57-79。藍吉富：〈嘉興大藏經的特色及其史料價值〉，釋聖嚴等編《佛教的思想與文化──印順導師八秩晉六壽慶論文集》，臺北：法光出版社，1991年，頁255-266。
釋法幢：〈徑山刻藏考述〉，《中華佛學研究》13期，2012年，頁53-89。五、英文著作
Brook, Timothy. “Rethinking Syncretism: The Unity of the Three Teachings and their Joint Worship in Late-Imperial China,” in Journal of Chinese Religions, 21:1, pp. 13-44.
Eichman, Jennifer (2016). A Late Sixteen-Century Chinese Buddhist Fellowship: Spiritual Ambitions, Intellectual Debates, and Epistolary Connections, Boston: Brill.
Hick, John (1989). An Interpretation of Religion: Human Responses to the Transcendent, New Haven: Yale University Press.
Hsu Sung-peng (1979). A Buddhist Leader in Ming China: The Life and Thought of Han-Shan Te-Ch''ing, Pennsylvania: Pennsylvania State University Press.
Jie Zhao (1994). “Reassessing the Place of Chou Ju-teng (1547-1629),” in Ming Studies 33, pp. 1-11.
Lovejoy, Arthur O. (1960). The Great Chain of Being: A Study of the History of an Idea, New York: Harper & Brothers.
Park Sung Bae (1983). Buddhist faith and Sudden Enlightment, Albany: State University of New York Press.
Tillich, Paul. Dynamics of Faith. New York: Harper & Row, 1957.
Yü Chun-fang (1981). The Renewal of Buddhism in China：Chu-hung and the Late Ming Synthesis, New York: Columbia University Press.
六、日文著作
長谷部幽蹊：《明清佛教史研究序說》，臺北：新文豐，1979年。
荒木見悟：〈張聖嚴氏の批判に答える─『明末中國佛教の研究』の所論について〉，《中國哲學論集》3，福岡：九州大學中囯哲學硏究會，1977年。
荒木見悟：《明末宗教思想研究──管東溟の生涯とその思想》，東京：創文社，1979年。
荒木見悟：《陽明學と仏教心學》，東京：研文出版，2008年。
荒木見悟《明代思想研究：明代における儒敎と佛敎の交流》，東京：創文社，昭和47年［1972］。